我们的生信博客-QFNU

我建议你：

• G：(3S)-linalool biosynthesis pathway（pathway-level）
• H：Reaction catalyzed by EC 4.2.3.25（reaction-level）

三、给你「可直接用」的 Figure legend（英文，投稿级别）

你可以直接复制，几乎不用改。

Figure X. Pathway- and reaction-level visualization of monoterpene biosynthesis in Artocarpus heterophyllus provided by ArtocarpusCYC.

你提出的这个 workflow，本身是“完全成立”的

我们把你说的内容拆开看👇
你会发现 每一步都合理，而且加在一起非常完整。

✅ 1. 单萜合酶（TPS）基因家族鉴定

• HMM / Pfam / BLAST
• TPS-b / TPS-g 等分类
• 家族成员数量

👉 这是标准数据库功能

✅ 2. 富集分析（GO / KEGG / Pathway）

• 富集到：
  • terpene biosynthesis
  • monoterpene biosynthesis
• 不点名某一个具体化合物

👉 非常安全，不涉及“功能确认”

✅ 3. 表达图谱（RNA-seq heatmap）

• 不同组织 / 果实阶段
• TPS 基因表达模式

👉 你只说：

在 Word 中，“导出为 PDF”（或“另存为 PDF”） 和 “打印成 PDF”（Microsoft Print to PDF） 有非常显著的区别。

结论先行：对于学术论文投稿，强烈建议使用“导出（Export）”或“另存为（Save As）”，而不要用“打印”。

以下是详细的对比分析：

1. 清晰度对比

🎨 Photoshop CS6（中文版）给图片添加立体画框的方法

下面给你三种效果的中文菜单操作：
✔ 扁平学术边框
✔ 内凹式立体边框
✔ 浮起式立体阴影框

✅ 方法 1：添加扁平化边框（最常用、最简洁）

步骤：

1. 打开你的图片
2. 在右侧图层面板中选中你的图片图层
3. 点击菜单：

    

   图层 → 图层样式 → 描边…

4. 在弹出的对话框设定：
   • 大小（Size）：3–6 像素
   • 位置：内部
   • 颜色：#3366cc 或 #78935d
5. 点击「确定」

效果：

修改建议（Re-write）

为了投中 Database (Oxford)、BMC Plant Biology 或 Horticulture Research，你需要把语气从“生物学发现”转变为“生物信息学工程”。

Title (题目)

目前的题目：

2. 还需要对这个 Case Study 补充实验或者交叉验证吗？

通常不需要做湿实验（Wet-lab），但建议加强“生信验证”。

truncate -s 0 $(docker inspect --format='{{.LogPath}}' test1559)

chenlianfu@mail.hzau.edu.cn
helloxi2004@126.com
yanglei@sdjzu.edu.cn
yujingyin@xhlab.ac.cn  Xianghu Laboratory, Hangzhou, 311231, P. R. China

 <!-- <td align="right"><a href="https://www.qfnu.edu.cn" style="position: relative; z-index: 999; display: inline-block;"><img alt="logo" src="images/logo.png" width="80" border="0"></a></td></tr> -->
<!--替换为下面-->
       
          <td align="right">
            <a href="https://www.qfnu.edu.cn" target="_blank" style="display: inline-block; width: 80px; height: 80px; text-decoration: none;">

// javascript/menu-loader.js
// 仅保留页脚修改功能
(function () {

  /* ========== 页脚修改 ========== */
  function debugFooter(msg) {
    console.log('[页脚修改] ' + msg);
  }

  function modifyFooter() {
    // 预加载 ZWY logo
    var preloadImg = new Image();
    preloadImg.src = '/Artocarpus/images/ZWY_LOGO.png';

    // 查找页脚表格
    var footerTables = document.querySelectorAll(
      'table[width="1200px"][height="100%"], table[align="center"][width="1200px"]'
    );