caseStudy更改重要建议

Submitted by admin on Wed, 10/29/2025 - 10:50

我先帮您核查了最关键的生物学背景问题，然后基于此给您最“稳”的期刊发表建议。

 

1. 关键问题核查：菠萝蜜含有 Linalool 吗？

 

根据我的文献检索（包括ACS、Figshare、热带作物学报等专业来源），菠萝蜜（Artocarpus heterophyllus）果肉的特征香气成分主要是酯类（Esters），例如：

  • 乙酸异戊酯 (isoamyl acetate)
  • 3-甲基丁酸乙酯 (ethyl 3-methylbutanoate)
  • 异戊酸丁酯 (butyl isovalerate)
  • 以及一些醇类（如 3-methyl-1-butanol）

在这些详细的香气成分列表中，Linalool (芳樟醇) 并不是菠萝蜜的核心或主要香气成分。

ArHi包括菠萝蜜的组装碎片化严重有什么影响

Submitted by admin on Wed, 10/29/2025 - 10:19

🍈 菠萝蜜酯类香气背景

主要酯类化合物：

  • 乙酸异戊酯 (Isoamyl acetate) - 香蕉味
  • 丁酸乙酯 (Ethyl butyrate) - 菠萝味
  • 己酸乙酯 (Ethyl hexanoate) - 苹果/菠萝味
  • 辛酸乙酯 (Ethyl octanoate) - 果香
  • 丁酸异戊酯 (Isoamyl butyrate)
  • 2-甲基丁酸乙酯 (Ethyl 2-methylbutyrate)

🔬 酯类代谢的生化途径

酯类合成主要涉及两类途径：

1️⃣ 醇酰基转移酶途径 (AAT pathway)

 

 

隐藏

Submitted by admin on Mon, 10/27/2025 - 09:00

apache

# ========================================
# 配置1：1661 → 1771
# ========================================
Listen 1771
<VirtualHost *:1771>
ServerName 111.14.177.46
ServerAdmin admin@localhost

ErrorLog /var/log/httpd/pathway-proxy-1771-error.log
CustomLog /var/log/httpd/pathway-proxy-1771-access.log combined

ProxyPreserveHost On
ProxyPass / http://127.0.0.1:1661/
ProxyPassReverse / http://127.0.0.1:1661/
ProxyTimeout 300

SetOutputFilter SUBSTITUTE

推荐一个可以接收数据库的四区期刊

Submitted by admin on Mon, 10/27/2025 - 07:03

Jouranl of Genetics 
审稿平均5个月

期刊ISSN
0022-1333
 

undisplayed_scaffold_pathwayTools合并

Submitted by admin on Sun, 10/26/2025 - 14:07

##############################################

如何修改您的 genetic-elements.dat 文件  PS：最安全、最规范的做法： 保留 CIRCULAR? N 这一行。

 

要显示 Chr01 到 Chr06，并隐藏 Chr07，您需要做如下修改：

  1. 为您希望显示的染色体（Chr01 到 Chr06）添加 TYPE :CHRSM。
  2. 为您希望隐藏的染色体（Chr07）添加 TYPE :CONTIG。

修改后的 genetic-elements.dat 示例：

pathwayTools版本过老学术讨论回答质疑

Submitted by admin on Sat, 10/25/2025 - 09:25

"Thank you for the comment. In our study, metabolic pathway annotation was conducted using three independent tools (KEGG, Reactome, and PathwayTools) to ensure robustness. While PathwayTools 24.0 was used, the core metabolic pathways were cross-validated with KEGG (latest release) and Reactome databases. The consistency across multiple annotation tools supports the reliability of our findings. Key pathways identified were further validated by [GO/KEGG enrichment analysis / RNA-seq expression data / experimental validation]."

pathwayTools用mRNA的id

Submitted by admin on Mon, 10/20/2025 - 12:14

可以直接使用！ 你描述的这种情况完全符合Pathway Tools的要求。

关键要点确认 ✓

你的设置满足Pathway Tools的核心需求：

  • ✅ ID唯一性
  • ✅ 一对一关系（每个ID对应一个基因实体）
  • ✅ 已处理可变剪接问题

使用时注意事项

1. 输入文件格式 确保GenBank或GFF文件中：

 

 

/gene="mRNA_001" # 使用你的mRNA ID
/locus_tag="mRNA_001" # 保持一致
/product="..."
```

**2. PathoLogic配置**
在 `organism-params.dat` 文件中可能需要设置：
```
ID-PREFIX mRNA_

3. 功能注释 确保每个mRNA ID都有：

AGD服务器后台为了内存管理修改过的程序

Submitted by admin on Mon, 10/20/2025 - 09:40

1.memory-guardian.service
两个文件
/usr/local/bin/memory_guardian.sh
 /etc/systemd/system/memory-guardian.service

2./etc/security/limits.conf

 

3. /etc/sysctl.conf  ?????????????不确定是否修改

sysctl -p
 

4.vi /etc/httpd/conf.modules.d/00-mpm.conf
将这行注释掉：
apache#LoadModule mpm_event_module modules/mod_mpm_event.so
取消这行的注释：
apacheLoadModule mpm_prefork_module modules/mod_mpm_prefork.so

关于AGD服务器的memory-guardian.service

Submitted by admin on Mon, 10/20/2025 - 07:46

/etc/systemd/system/
memory-guardian.service
 

 

cat > /etc/systemd/system/memory-guardian.service << 'EOF'
[Unit]
Description=Memory Guardian Service
After=network.target

[Service]
Type=simple
ExecStart=/usr/local/bin/memory_guardian.sh
Restart=always
RestartSec=10
User=root

[Install]
WantedBy=multi-user.target
EOF

从一篇文献读到柠檬烯和罗勒烯有分布-菠萝蜜萜类化合物分析报道-面包树雄花含有linalool

Submitted by admin on Sat, 10/18/2025 - 08:58

###我仔细阅读了您上传的这篇文献（"Volatile compounds released by acid hydrolysis in jackfruit..."）。

以下是该文献的主要结论、研究意义，以及关于芳樟醇 (linalool) 的具体情况总结：

Volatile compounds released by acid hydrolysis in jackfruit (Artocarpus
heterophyllus Lam.). A comparative study by using SDE and
HS-SPME techniques

文献主要结论

 

这篇研究的主要目的是利用酸水解 (acid hydrolysis) 来释放菠萝蜜 (jackfruit) 中与糖苷结合的“风味前体物质”(aroma precursors)，并比较两种提取技术（SDE 和 HS-SPME）的效果 。

 

共鉴定出69种挥发物： 综合两种提取方法和两种pH条件，研究共鉴定出69种挥发性化合物，包括29种酯类、20种醛类、6种萜烯类、7种酮类和7种醇类 。

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