未验证-JBrowse浏览器展示时为序列名下端添加功能注释方法

Submitted by admin on Thu, 05/01/2025 - 10:30

未验证（为mRNA添加Note属性，Name属性不必须）：

是的，你理解得完全正确。如果原始的GFF3文件中没有Note属性或其他包含功能注释的属性字段，你需要：

  1. 修改GFF3文件，添加所需的功能注释信息
    • 可以在每个mRNA或gene特征的第9列(属性列)中添加Note属性
    • 例如：ID=gene001;Name=GeneA;Note=编码光合作用相关蛋白
  2. 重新导入修改后的GFF3文件
    • 使用与之前相同的flatfile-to-json.pl命令导入含有Note属性的新GFF3文件
    • 这将更新JSON数据，使其包含新添加的功能注释信息

修改GFF3文件添加注释的简单示例：

 

 

 

scaffold00001 AUGUSTUS gene 1000 2000 . + . ID=gene001;Name=gene001;Note=光合作用相关蛋白
scaffold00001 AUGUSTUS mRNA 1000 2000 . + . ID=mRNA001;Parent=gene001;Name=mRNA001;Note=光合作用相关蛋白

重新导入命令应与你之前使用的命令相同：

 

 

 

bin/flatfile-to-json.pl --out ArtocarpusData/json/FE --gff /path/to/updated_FE.gff3 --type mRNA --autocomplete all --trackLabel genes --key 'Gene models' --getSubfeatures --className transcript --trackType CanvasFeatures --subfeatureClasses '{"CDS": "transcript-CDS", "exon": "hidden"}' --arrowheadClass arrowhead

完成后，你还需要按照之前建议的方式修改trackList.json文件，以确保JBrowse正确显示这些功能注释。

 

 

 

需要：

  1. 确定他们想要展示的功能注释信息实际存储在哪个属性中（如果有的话）
  2. 如果GFF3文件中完全没有功能注释信息，则需要从其他来源（如功能注释数据库）获取这些信息并添加到GFF3文件中
  3. 可能需要使用脚本或手动方式修改GFF3文件，添加所需的功能注释属性
  4. 重新导入修改后的GFF3文件到JBrowse

值得注意的是，在GFF3格式中，Name属性不是必需的，但ID属性通常是必需的。同样，功能注释信息可以存储在多种属性中，如product、Note、description、Dbxref（数据库交叉引用）等。

我需要告诉用户，即使没有Name属性也可以继续操作，JBrowse会使用ID属性作为显示名称。然后，我应该建议几种添加功能注释信息的方式，并解释如何配置JBrowse以显示这些注释。

是的，即使没有Name属性也可以继续操作。JBrowse会自动使用ID属性作为显示名称，所以Name属性可以省略。

对于添加功能注释信息，你需要：

  1. 修改GFF3文件，添加功能注释属性（可以用Note或其他属性名称）
    • 例如：ID=gene001;Note=光合作用相关蛋白
    • 或者使用其他属性名如：ID=gene001;product=光合作用相关蛋白
  2. 重新导入修改后的GFF3文件

     

     

    bin/flatfile-to-json.pl --out ArtocarpusData/json/FE --gff /path/to/updated_FE.gff3 --type mRNA --autocomplete all --trackLabel genes --key 'Gene models' --getSubfeatures --className transcript --trackType CanvasFeatures --subfeatureClasses '{"CDS": "transcript-CDS", "exon": "hidden"}' --arrowheadClass arrowhead

  3. 修改trackList.json文件，使其显示你添加的注释属性

     

     

    json

    {
    "label" : "genes",
    "key" : "Gene models",
    "type" : "CanvasFeatures",
    "style" : {
    "className" : "transcript"
    },
    "fmtDetailValue_Name": "function(name, feature) { var annotation = feature.get('Note'); return name + '<br /><span style=\"color:gray;\">' + (annotation || '') + '</span>'; }",
    "fmtMetaValue_Name": "function(name, feature) { var annotation = feature.get('Note'); return name + '<br /><span style=\"color:gray;\">' + (annotation || '') + '</span>'; }"
    }

如果你决定使用"product"或其他名称作为注释属性，请将上面代码中的'Note'替换为你选择的属性名称。