下载转录组数据

Submitted by admin on Wed, 12/25/2024 - 03:30

#在ncbi根据物种名得到所有PRJNA SRP信息

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra

#根据SRP（有可能DRP等）号（如SRP280313)在下面网站搜索

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study

同时记录所有实验信息到一个excel表格

#复制所有SRR号，如下

SRR12603273
SRR12603274
SRR12603275
SRR12603276
SRR12603277
SRR12603278

#登陆服务器

ssh root@IP

输入密码

#进入文件夹

(cd：切换工作目录)

cd /home/train/BMM

mkdir -p SRP280313

cd SRP280313

#准备批量下载sh程序

cp ../wget_sra.sh .
#准备SRR 名称列表文件

echo "SRR12603273
SRR12603274
SRR12603275
SRR12603276
SRR12603277
SRR12603278" > SRR.list

#用nohup执行批量下载脚本后台执行

nohup sh wget_sra.sh SRR.list > success.log 2> error.log &

 

######pipeline for CXY

#拷贝SRR号以后,登陆服务器

ssh train@10.31.23.13

输入密码

#进入工作目录

cd hd_YXY/CXY

echo "SRR12603273
SRR12603274
SRR12603275
SRR12603276
SRR12603277
SRR12603278" > SRR.list

#用nohup执行批量下载脚本后台执行

nohup sh wget_sra.sh SRR.list > success.log 2> error.log &

#查看是否下载完全

less -S success.log

#查看是否在正常运行

jobs -l