syntenytool.pl报错

Perl 脚本 syntenyTool.pl，使用 mcscanx_tripal 功能，但出现了错误：[ERR]Chr13 Chr13。

让我分析一下代码中的 mcscanx_tripal 函数，看看这个错误是从哪里来的。

在 mcscanx_tripal 函数中，我看到了这行代码：（尝试替换$o =~ s/_.*$//;)

# load chr to hash
my %chr_hash;
my $f1 = IO::File->new($chr_file) || die $!;
while(<$f1>) {
chomp;
my @a = split(/\t/, $_);
# old id (chr + num), new id (org + num)
my $o = $a[1]; $o =~ s/\d+$//;
if ( $o eq $org1_sn || $o eq $org2_sn ) {
$chr_hash{$o."#".$a[0]} = $a[1];
} else {
die "[ERR]$_\n";
}
}

这段代码在读取 chr 文件时，会检查 $a[1] 中去掉末尾数字后的部分（即 $o）是否等于 $org1_sn 或 $org2_sn。如果不等于，就会输出 [ERR]$_\n。

用户的命令是：

bash

perl syntenyTool.pl -t mcscanx_tripal -a ArHe -b ArNa -c 12 -d 14 ArHe_ArNa.chr ArHe_ArNa.gff ArHe_ArNa.collinearity ArHe_ArNa.block > ArHe_ArNa.block.tripal.txt

错误信息是 [ERR]Chr13 Chr13，这意味着 chr 文件中有一行是 Chr13 Chr13。

我注意到代码中的关键问题：当 $a[1] 去掉数字后仍然是 Chr13 时，无法匹配 $org1_sn 或 $org2_sn（即 ArHe 或 ArNa），导致脚本抛出错误。这表明 chr 文件的格式可能与脚本期望的不同。

解决方案需要调整染色体命名格式：要么修改文件，要么更新脚本以兼容现有的命名规则。

根据错误信息和代码分析，问题出现在 mcscanx_tripal 函数处理染色体文件（ArHe_ArNa.chr）时。

错误原因分析

在 mcscanx_tripal 函数中，有以下代码段：

perl

# load chr to hash
my %chr_hash;
my $f1 = IO::File->new($chr_file) || die $!;
while(<$f1>) {
chomp;
my @a = split(/\t/, $_);
# old id (chr + num), new id (org + num)
my $o = $a[1]; $o =~ s/\d+$//; # 去掉末尾数字
if ( $o eq $org1_sn || $o eq $org2_sn ) {
$chr_hash{$o."#".$a[0]} = $a[1];
} else {
die "[ERR]$_\n"; # 这里产生错误
}
}

问题所在：

• 你的参数：-a ArHe -b ArNa，所以 $org1_sn = "ArHe"，$org2_sn = "ArNa"
• 错误信息 [ERR]Chr13 Chr13 表明你的 chr 文件中有一行是：Chr13 Chr13
• 代码取 $a[1] = "Chr13"，去掉末尾数字后得到 $o = "Chr"
• 检查条件："Chr" eq "ArHe" || "Chr" eq "ArNa" 为假
• 因此触发错误输出

解决方案

你的染色体文件格式与脚本预期不符。脚本期望染色体名称以指定的organism短名开头。

方案1：修改染色体文件格式

将你的 ArHe_ArNa.chr 文件中的染色体名称改为符合预期的格式：

bash

# 当前格式（错误）：
Chr13 Chr13

# 应该改为：
Chr13 ArHe13 # 或者
Chr13 ArNa13 # 根据实际所属organism

方案2：修改organism参数

如果你的染色体都是 Chr 开头，可以修改命令参数：

bash

perl syntenyTool.pl -t mcscanx_tripal -a Chr -b Chr -c 12 -d 14 ArHe_ArNa.chr ArHe_ArNa.gff ArHe_ArNa.collinearity ArHe_ArNa.block > ArHe_ArNa.block.tripal.txt

方案3：检查并修正chr文件

先查看你的chr文件内容：

bash

head -5 ArHe_ArNa.chr

然后根据实际情况调整。chr文件应该是两列：原始染色体名\t新染色体名，其中新染色体名应该以你指定的organism短名开头。

**建议：**检查你的数据准备过程，确保chr文件正确映射了两个organism的染色体名称。