pathwayTools用mRNA的id

Submitted by admin on Mon, 10/20/2025 - 12:14

可以直接使用！ 你描述的这种情况完全符合Pathway Tools的要求。

关键要点确认 ✓

你的设置满足Pathway Tools的核心需求：

  • ✅ ID唯一性
  • ✅ 一对一关系（每个ID对应一个基因实体）
  • ✅ 已处理可变剪接问题

使用时注意事项

1. 输入文件格式 确保GenBank或GFF文件中：

 

 

/gene="mRNA_001" # 使用你的mRNA ID
/locus_tag="mRNA_001" # 保持一致
/product="..."
```

**2. PathoLogic配置**
在 `organism-params.dat` 文件中可能需要设置：
```
ID-PREFIX mRNA_

3. 功能注释 确保每个mRNA ID都有：

  • 产物名称（product）
  • EC号（如果是酶）
  • GO terms（如果有）

可能遇到的小问题

  • 命名规范警告: Pathway Tools可能会提示ID不符合标准命名规范，但不影响功能
  • 数据库交叉引用: 如果需要链接到其他数据库（如NCBI），可能需要额外的基因ID映射

建议

直接开始注释即可，Pathway Tools 20.0会正常处理你的数据。如果运行过程中有警告，大多数可以忽略，只要最终能生成PGDB（Pathway Genome Database）就说明成功了。

 

 

 

 

 

 

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