centos7系统安装MMseq2

安装预编译二进制包步骤

1. 确定系统指令集支持情况
   在终端运行：

    

   uname -m # 确保显示 x86_64 grep -q avx2 /proc/cpuinfo && echo "AVX2: yes" || echo "AVX2: no" grep -q sse4_1 /proc/cpuinfo && echo "SSE4.1: yes" || echo "SSE4.1: no"

   如果你的 CPU 支持 AVX2，就选 AVX2 版本；如果不支持但支持 SSE4.1 就选 SSE4.1 版本；若两者都不支持，只能用 SSE2 版本。 GitHub+2tenderisthebyte.com+2

2. 下载对应静态包
   例如选择 AVX2 版本：

    

   wget https://mmseqs.com/latest/mmseqs-linux-avx2.tar.gz

   若选择 SSE4.1 版本：

    

   wget https://mmseqs.com/latest/mmseqs-linux-sse41.tar.gz

   若更老机器，则用 SSE2：

    

   wget https://mmseqs.com/latest/mmseqs-linux-sse2.tar.gz

   GitHub+1

3. 解压到目标安装目录（比如 /opt/biosoft/mmseqs2）

    

   sudo mkdir -p /opt/biosoft/mmseqs2 sudo tar -zxvf mmseqs-linux-avx2.tar.gz -C /opt/biosoft/mmseqs2 --strip-components=1

   这里 --strip-components=1 是去掉压缩包内一级目录，直接把 bin/ 等放入目标目录。

4. 配置环境变量
   将 bin/ 加入你的 PATH，以便在命令行直接运行：

    

   echo 'export PATH=/opt/biosoft/mmseqs2/bin:$PATH' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc

5. 验证安装
   在终端运行：

    

   mmseqs version

   如果输出版本号（如 “MMseqs2 Version: …”）且无错误，则安装成功。

6. 测试运行（一个简单例子）

    

   echo -e ">a\nMKTLLL\n>b\nMKTLIL" > test.fasta mmseqs createdb test.fasta testDB mmseqs cluster testDB clusterDB tmp --min-seq-id 0.9 mmseqs createtsv testDB testDB clusterDB result.tsv

   若 result.tsv 有输出，说明工具功能正常。