对pathwayTools注释专用硬盘的python2库文件进行修改

方案一（修复 misopy 库）

要实现“不替换连字符”并成功运行，请执行以下操作：

1. 打开 misopy 的库文件（需要 sudo 权限）：

   sudo nano /opt/biosoft/miniconda3_for_python27/envs/python27/lib/python2.7/site-packages/misopy/gff_utils.py
    

2. 定位到第 918 行。
3. 修改这一行：
   • 修改前：
     fields = [_seqid_pat.sub(url_quote, rec.seqid),
     fields = [_seqid_pat.sub(lambda m: url_quote(m.group(0)), rec.seqid),
      
   • 保存并退出编辑器。
   • 运行你“未修改过”的原始脚本：

     python /home/train/sunpengbin/extract_intron_gff3_from_gff3.py scaffold-377647.gff3 1

     这样操作后，程序会正常运行，并且输出的 1_introns.gff3 文件中，第一列仍然是 scaffold-377647，连字符被完整保留了。