可以下载转录组数据

Submitted by admin on Sat, 11/08/2025 - 13:08

https://woodyplant.com/omicsproject?type=RNA-Seq&wzid=WZ_99&utm_source=c...

 

能追到的几批 Artocarpus 转录组

  1. 菠萝蜜 (Artocarpus heterophyllus) DREB 基因那篇转录组分析
    这是 2024 在 BMC Genomics 的一篇菠萝蜜冷胁迫/两品系的转录组文章，说明里有 RNA-seq，但线上只是一篇文章说明，没有直接给 count 矩阵，要去它的 SRA/BioProject 里拿测序数据再做计数。BioMed Central
  2. 面包果 (Artocarpus altilis) 嫁接/砧木差异转录组
    这篇研究了嫁接根砧对面包果接穗表达的影响，RNA-seq 也是公开的，可以在 SRA 里找到那一批 reads，但同样没看到直接给 raw count 表，只给 DEGs 统计。你下原始数据自己做 featureCounts 就行。PubMed+1
  3. “Sequencing and de novo transcriptome assembly for discovering regulators of gene expression in Jack (A. heterophyllus)”
    这是 2022 那篇做菠萝蜜转录组组装的，能说明它有大规模转录组数据，但属于“我提供 reads + 我自己做了组装/注释”，没看到现成的 count 表。你可以用它的 SRA 号去下。科學直接+1
  4. 2019 那篇做 A. altilis 和 A. heterophyllus 基因组的 Genes 论文
    里面写得很清楚：它们提取了多个组织的 RNA 来做转录组，说明这批数据是存在的，只是文章页面没直接丢一个 counts.txt，所以还是得从它对应的 SRA 里下回来自己数。MDPI
  5. Omics-Seq/woodyplant 上的 “RNA-Seq of Artocarpus heterophyllus: 40 days plant with stem and leaves”
    这是一个能指向具体 RNA-seq 项目的目录，说明这个物种的数据确实有人测，但这个网站给的是项目，不是 ready-to-use count 矩阵。Woody Plant

2. 文章附录会不会给 raw count？

  • 很多植物文章只给 DEG list（差异基因表）、FPKM/TPM 表，因为这是他们分析里直接引用的；
  • 真正的 raw count（整数矩阵）往往不放附录，而是认为“你可以自己从 SRA 重做”；这是现在不少刊物的习惯；
  • 所以你要的那种能直接塞进 Trinity/DESeq2 的 gene.rawCount.matrix，大概率是要你自己算的。