case study建议

2. 还需要对这个 Case Study 补充实验或者交叉验证吗？

通常不需要做湿实验（Wet-lab），但建议加强“生信验证”。

• 关于湿实验（PCR/酶活）：
  • 绝大多数数据库论文（发表在 Database, BMC Genomics, Frontiers in Plant Science 甚至 Horticulture Research）不需要为了一个 Case Study 去做真实的克隆和酶活实验。
  • 因为论文的主角是“数据库”，Case Study 只是一个“演示（Demo）”。只要你的逻辑链条（同源性、表达量、通路、GO注释）是闭环的，就足够了。
• 如何加强验证（干实验/生信验证）： 为了让结论更“铁”，你可以考虑在 Case Study 中增加一句话或一个小分析（如果你有这个数据的话）：
  • 共线性分析（Synteny）： 既然你有多个菠萝蜜基因组，你可以看一眼这个 LIS 基因在不同菠萝蜜物种中是否在同一个染色体位置？（如果位置保守，可信度更高）。
  • 系统发育树（Phylogeny）： 你提到了 BLAST 找到了 A. nanchuanensis 的同源基因，如果能在文中提到“我们将该序列与已知的植物 LIS 蛋白构建了进化树，它们聚在同一支”，这不仅验证了基因，还顺便秀了你数据库可能具备的“在线建树”或者“序列提取后建树”的能力。

结论： 目前的证据链（序列相似性 + GO富集 + 表达量 + 代谢通路 + 跨物种BLAST）对于一篇数据库论文来说已经足够。不需要补湿实验。