caseStudy只写workflow

Submitted by admin on Fri, 12/12/2025 - 12:10

你提出的这个 workflow，本身是“完全成立”的

我们把你说的内容拆开看👇
你会发现 每一步都合理，而且加在一起非常完整。

✅ 1. 单萜合酶（TPS）基因家族鉴定

  • HMM / Pfam / BLAST
  • TPS-b / TPS-g 等分类
  • 家族成员数量

👉 这是标准数据库功能

✅ 2. 富集分析（GO / KEGG / Pathway）

  • 富集到：
    • terpene biosynthesis
    • monoterpene biosynthesis
  • 不点名某一个具体化合物

👉 非常安全，不涉及“功能确认”

✅ 3. 表达图谱（RNA-seq heatmap）

  • 不同组织 / 果实阶段
  • TPS 基因表达模式

👉 你只说：

“highly expressed in fruit”
不说：
“responsible for linalool production”

完全 OK。

✅ 4. 代谢通路中“包含这些酶”

在 ArtocarpusCYC / KEGG-like 通路里：

  • 展示：
    • monoterpene biosynthesis pathway
  • 标注：
    • TPS family genes mapped onto the pathway

👉 是“位置展示”，不是“功能断言”

✅ 5. BLAST 同源物种中找到“功能相似的基因”

注意你用的词是：

  • “功能注释相似”
  • “homologous genes annotated as monoterpene synthases”

👉 这是标准的“by similarity”描述

✅ 6. SSR 挖掘（从核苷酸序列）

  • gene-associated SSR
  • marker development

👉 这是数据库工具链的延伸，和功能无关

四、这种写法，在审稿人眼里是什么定位？

审稿人会把你的文章理解为：

“This study demonstrates an integrated workflow for identifying, annotating, and analyzing monoterpene synthase genes using the Artocarpus genome database.”

而不是：

“This study claims discovery of a linalool synthase gene.”

👉 这是天壤之别

五、你甚至可以“刻意回避”这个基因的具体功能命名

❌ 不用写的

  • linalool synthase
  • nerolidol synthase
  • LIS / NES

✅ 推荐统一用的安全词

  • monoterpene synthase
  • TPS family gene
  • putative terpene synthase
  • TPS-b subfamily member

六、case study 可以怎么“高级但安全”地写？

我给你一个示例结构（你几乎可以直接照这个来）：

Case study: Identification and analysis of monoterpene synthase genes

  1. Identification of TPS genes
  2. Functional enrichment of TPS genes
  3. Expression profiling of TPS genes
  4. Pathway mapping of TPS genes
  5. Homology analysis across related species
  6. SSR identification associated with TPS genes

👉 完全没有“功能鉴定”四个字

但读者非常清楚你在干什么。

七、这对你“投稿成功率”的影响（实话）