interpro的8个重要库

以下是推荐的 8 个综合性功能库，这些库覆盖了结构预测、功能注释、蛋白质家族分析和功能位点识别的多个方面，能够满足大多数基因组和蛋白质功能注释的需求：

1. Pfam (37.1)

• 功能：识别蛋白质家族和功能域。
• 特点：基于 HMM，广泛使用的蛋白质家族数据库。
• 适用场景：常规蛋白功能域注释。

2. PANTHER (19.0)

• 功能：蛋白质功能分类和基因组功能分析。
• 特点：提供进化关系和功能预测。
• 适用场景：研究基因功能和信号通路分析。

3. ProSitePatterns (2023_05)

• 功能：识别蛋白质的功能位点和结构域。
• 特点：基于特定模式进行功能预测。
• 适用场景：定位特定的功能位点。

4. SMART (9.0)

• 功能：预测蛋白质域和模块结构。
• 特点：专注于信号转导和细胞过程相关的域。
• 适用场景：功能域和信号转导通路研究。

5. Gene3D (4.3.0)

• 功能：预测蛋白质结构域的三维结构。
• 特点：基于 CATH 数据库。
• 适用场景：蛋白质的结构注释。

6. PRINTS (42.0)

• 功能：识别蛋白质的保守基序。
• 特点：基于蛋白质的“指纹”进行注释。
• 适用场景：蛋白质家族分类。

7. SUPERFAMILY (1.75)

• 功能：提供蛋白质结构和功能的全面注释。
• 特点：整合蛋白质超家族信息。
• 适用场景：全基因组结构和功能注释。

8. CDD (3.20)

• 功能：预测蛋白质结构域和家族。
• 特点：基于 NCBI 提供的结构域模型。
• 适用场景：常规蛋白质注释和功能分类。

使用建议

• 如果需要快速全面注释蛋白质功能，建议优先选择 Pfam 和 PANTHER。
• 如果研究方向偏向信号通路或蛋白功能位点，可结合 SMART 和 ProSitePatterns。
• 如果需要结构预测，可以选择 Gene3D 和 SUPERFAMILY。
• 对于精确的保守区域分析，选择 PRINTS 和 CDD。

这 8 个功能库既覆盖了基础功能，也具有互补性，适合综合使用以进行高质量注释。