gff3格式错误-CDS结构信息错误解决方法

解决方案

在导入 JBrowse 之前，建议你先修正 GFF3 文件：方法：1.gffread 2./home/train/sunpengbin/gff3_validator_updateCDSSIMILARY.pl

1. 过滤异常 CDS 关系：
   • 你可以删除 Parent 关联 超过阈值（如 10 个） 的 CDS：

     awk '$3=="CDS" {split($9, a, ";"); for (i in a) if (a[i] ~ /^Parent=/) {gsub("Parent=", "", a[i]); n=split(a[i], parents, ","); if (n > 10) print $0}}' genome.gff3

   • 这样可以找到 Parent 过多的 CDS 记录，手动检查。
2. 使用 AGAT 进行 GFF3 格式校验：

   agat_convert_sp_gff2gff3.pl --gff genome.gff3 -o fixed.gff3

   • 这样可以自动修复部分 Parent 关系问题。
3. 在 JBrowse 之前测试 GFF3：
   • 用 gffread 检查 GFF3：
     gffread fixed.gff3 -E
   • 确保没有 Parent 过多的问题。

总结

• 如果不修正 GFF3，JBrowse 可能会出现渲染异常、加载变慢甚至崩溃。
• 建议在导入 JBrowse 之前，先修复 Parent 关系错误，避免数据可视化出错。
• 可以先用小数据测试 JBrowse，看看是否有问题，再决定是否需要大规模修复。