pathwayTools注释生成cyc时的步骤

1.提取intron,执行py脚本需要搭建python27的conda环境

#extract intron
#conda create -n python27 python=2.7
#conda activate python27  #注意老版本的miniconda是使用source activate ------不同版本的conda似乎有一个conda init的是否执行的区别？注意学习总结
#conda install -c bioconda misopy
python extract_intron_gff3_from_gff3.py Charmono_v1.1.gff3 Charmono_v1.1.introns.gff3
grep "intron" Charmono_v1.1.introns.gff3_introns.gff3 > Charmono_v1.1.introns.gff3
perl parseIntron.cgi Charmono_v1.1.introns.gff3 > Charmono_v1.1_introns.txt