关于interpro注释时8个库选择的总结

#两次成功执行的八个库qw(CDD FunFam Gene3D PANTHER Pfam PRINTS SMART SUPERFAMILY);  qw(CDD Gene3D MobiDBLite PANTHER Pfam PRINTS SMART SUPERFAMILY);

#实际理论可尝试9种注释（CDD FunFam MobiDBLite Gene3D PANTHER Pfam PRINTS SMART SUPERFAMILY)

./interproscan.sh -t p -i 100.fasta -f TSV,gff3 -d ArHeCHN/ -appl Pfam,PANTHER,Gene3D,SMART,FunFam,MobiDBLite,CDD,SUPERFAMILY,PRINTS -goterms -iprlookup -cpu 8 > ArHeAnnot.log 2>&1

                ####9个库九库注释成功的执行脚本

               perl /home/train/sunpengbin/extractInterproTSV_2pubdbTable_addPara_Terminal_Modified_STRICT.pl --species=ArNa --best-evalue --custom-dbs=CDD,MobiDBLite,FunFam,Gene3D,PANTHER,Pfam,PRINTS,SMART,SUPERFAMILY --stat-complete ArNa2.pep.fasta.tsv >     shanchu

#对植物蛋白序列进行interpro注释时8个库选择的总结

#已经成功执行的八个库如下，但是其中PIRSF没有生成相关注释信息

./interproscan.sh -t p -i 100.fasta -f TSV,gff3 -d ArHeCHN/ -appl Pfam,PANTHER,Gene3D,SMART,PIRSF,CDD,SUPERFAMILY,PRINTS -goterms -iprlookup -cpu 8 > ArHeAnnot.log 2>&1

#25.3.13重新对ArHi进行8个库的注释，用MobiDBLite替换PIRSF进行注释，命令如下

./interproscan.sh -t p -i ArHi.pep.fasta  -f TSV,gff3 -d ArHi/ -appl Pfam,PANTHER,Gene3D,SMART,MobiDBLite,CDD,SUPERFAMILY,PRINTS -goterms -iprlookup -cpu 8 > ArHiAnnot.log 2>&1

                 ##上面命令是否执行成功？命令运行中...... 后续补充结果

                 #3.14反馈报错

                   Error output from binary: Traceback (most recent call last): File "bin/mobidb/idrpred-cli.py", line 9, in <module> from idrpred.idrpred import main File                                             "/home/train/hd/interproscan-5.72-103.0/bin/mobidb/idrpred/__init__.py", line 206, in <module> def _repl_struct_by_disord(match: re.Match): AttributeError: module                     're' has no attribute 'Match'

                #报错解决步骤1

                找到文件/home/train/hd/interproscan-5.72-103.0/bin/mobidb/idrpred/__init__.py ， 备份该文件

                #步骤2

                将第206行          def _repl_struct_by_disord(match: re.Match):

                修改为                def _repl_struct_by_disord(match):

               #25.3.14用上面的方法修改重新注释测试，或者采用下面的方法二和三（不推荐三),注意重新执行时需要删除temp文件夹中的文件

               #25.3.15日反馈，采用下面的8个库成功

CDD-3.20,Gene3D-4.3.0,MobiDBLite-4.0,PANTHER-19.0,Pfam-37.1,PRINTS-42.0,SMART-9.0,SUPERFAMILY-1.75

            方法2：禁用MobiDBLite分析

               如果您不一定需要MobiDBLite的结果，可以在InterProScan命令中排除这个工具：

               ./interproscan.sh -t p -i ArHi.pep.fasta -f TSV,gff3 -d ArHi/ -appl Pfam,PANTHER,Gene3D,SMART,CDD,SUPERFAMILY,PRINTS -goterms -iprlookup -cpu 8 > ArHiAnnot.log                  2>&1

               从-appl参数中移除了MobiDBLite。

            方法3：更新Python版本

                如果您有系统管理权限，可以考虑更新Python到3.9或更高版本，但这可能需要谨慎操作，以避免影响系统上的其他工具。