Swiss-Prot注释流程

# 2. 进行 Swiss-Prot 注释
mkdir -p /home/train/13.functional_annotation/02.Swiss-Prot
cd /home/train/13.functional_annotation/02.Swiss-Prot

# 使用 ncbi-blast+ 进行 Swiss-Prot 注释
head -n 200 ../proteins.fasta > test.fasta
~/bin/blast.pl --CPU 8 --outfmt 5 -clean /opt/biosoft/bioinfomatics_databases/Swiss-Prot/uniprot_sprot test.fasta > blast.xml
# real 0m47.846s
# user 4m53.512s
# sys 0m0.752s

# 使用diamond进行分析
ln -sf /opt/biosoft/bioinfomatics_databases/Swiss-Prot/uniprot_sprot.dmnd ./
diamond blastp --db uniprot_sprot --query ../proteins.fasta --out uniprot_sprot.xml --outfmt 5 --sensitive --max-target-seqs 20 --evalue 1e-5 --id 10 --index-chunks 1
# real 0m50.636s
# user 6m29.161s
# sys 0m1.372s
parsing_blast_result.pl --out-hit-confidence --suject-annotation uniprot_sprot.xml > uniprot_sprot.tab
gene_annotation_from_SwissProt.pl uniprot_sprot.tab > SwissProt.txt

cp uniprot_sprot.tab ../functional_annotation.Swiss-Prot.tab
cp SwissProt.txt ../functional_annotation.Swiss-Prot.txt
cd ..