GhostKOALA 详细使用指南-一次性处理多达10万条序列

Submitted by admin on Tue, 03/18/2025 - 14:37

GhostKOALA是KEGG开发的专门用于大规模序列注释的工具，能够一次性处理多达10万条序列，完全可以满足你5万条蛋白序列的注释需求。

一、基本信息

  • 最大容量：一次可处理100,000条序列（远超KAAS的10,000-20,000条限制）
  • 算法：使用GHOSTX算法，比KAAS使用的BLAST更快
  • 预计时间：5万条序列大约需要8-24小时（取决于服务器负载）
  • 官方网址：https://www.kegg.jp/ghostkoala/

二、详细使用步骤

1. 准备序列文件

>protein1 MVKDQRRRSMVVLKLLVTVVTCMMASRNTVLML... >protein2 MKKAILSVLSIALSFVSFANAHSDSSSSDAP...

确保：

  • 使用FASTA格式
  • 每个序列有唯一标识符
  • 已删除序列末尾的句点（.）
  • 文件大小不超过100MB

2. 提交任务

  1. 访问 https://www.kegg.jp/ghostkoala/
  2. 填写以下信息：
    • 电子邮箱（用于接收结果通知）
    • 任务标题（如"PlantProteome50K"）
    • 选择合适的数据库：
      • 对植物，建议选择"plants"或"eukaryotes"
      • 如果你的物种已在KEGG中，选择特定的"genus_species"
    • 上传FASTA文件
    • 点击"Submit"开始分析

3. 获取结果

  1. 等待邮件通知（5万条序列通常需要8-24小时）
  2. 通过邮件中的链接或使用任务ID访问结果页面
  3. 下载结果文件：
    • user_ko.txt：主要结果文件，包含序列ID和对应的KO号
    • result.table.html：HTML格式的注释结果表
    • ko.list：所有KO注释的列表

4. 结果可视化

  1. 访问KEGG Mapper：https://www.kegg.jp/kegg/mapper.html
  2. 选择"Reconstruct Pathway"
  3. 上传user_ko.txt文件
  4. 选择合适的数据集（通常选"Reference"）
  5. 提交以在KEGG通路中可视化你的蛋白质

三、使用技巧

  1. 备份任务ID：提交后保存任务ID，以便跟踪进度
  2. 结果保存：KEGG服务器通常只保留结果1-2周，请及时下载
  3. 大文件处理：如接近100MB限制，可使用gzip压缩
  4. 解释结果：
    • KO号是KEGG Orthology标识符，如K00001
    • 通过KO号可将蛋白映射到功能和代谢通路

四、与KAAS的比较

GhostKOALA比KAAS更适合你的5万条序列注释：

  • 容量更大：10万 vs 1-2万
  • 速度更快：GHOSTX算法比BLAST快约10倍
  • 界面更简单：针对大数据集优化
  • 一次完成：无需分批提交

总结：GhostKOALA完全可以一次性处理你的5万条植物蛋白序列，是比KAAS更理想的选择。整个过程只需提交一次，等待8-24小时即可获得完整的KEGG注释结果。

五、生成完整注释

gene_annotation_from_kaas.pl query.ko > KEGG.txt