###1.权限问题
# 或者方法2:更安全的方式(推荐) # 将www-data替换为您实际的Web服务器用户名(可能是apache、nginx等)
chown www-data:www-data /opt/download/MISA
chown www-data:www-data /opt/download/MISA/SSR
# 如果这个目录存在的话
chmod 755 /opt/download/MISA chmod 755 /opt/download/MISA/SSR
###2.命令路径问题
#cgi代码中执行程序写绝对路径
my $cmd = "cd /opt/download/MISA && /opt/biosoft/Misa_Primer3/misa.pl $filename.out";
system($cmd);