我们的生信博客-QFNU

实测，不删除也可以执行，不知道原理和原因，以及是否删除好

修改前端 HTML 文件

找到 adh_identify.htm 中的 Method 2 表单（大约在第 xxx 行），将：

html

<form method="post" enctype="multipart/form-data" action="/cgi-bin/ADH2.cgi" name="form2" id="form2">

改为：

html

<form method="post" action="/cgi-bin/ADH2.cgi" name="form2" id="form2">

只需删除 enctype="multipart/form-data" 这部分！

论文Case Study撰写指南：利用在线工具解析菠萝蜜香气合成基因家族
案例分析标题建议： 利用ArtocarpusDB在线工具快速解析菠萝蜜香气合成相关基因家族的进化与功能分化
(A Case Study on Rapidly Elucidating the Evolution and Functional Divergence of Aroma-Related Gene Families in Jackfruit Using the ArtocarpusDB Platform)
一、 故事起点（提出科学问题）
菠萝蜜（Jackfruit）以其独特、浓郁的酯类和萜类香气而闻名，但其背后复杂的分子机制尚不清楚。不同菠萝蜜种质资源的香气差异，其遗传基础是什么？我们的ArtocarpusDB平台提供了一套强大的在线工具，旨在快速解答这些前沿科学问题。
二、 第一步：全局鉴定与比较
 * 核心工具：平台内置的“基因家族在线鉴定工具”。
 * 具体操作：我们使用该工具，对数据库中七个菠萝蜜基因组的AAT（醇酰基转移酶）、LOX（脂氧合酶）和TPS（萜类合酶）这三个与香气合成密切相关的基因家族，进行“一键式”初步鉴定。
 * 结果展示：

在利用 Pfam 数据库鉴定 ADH (醇脱氢酶) 基因家族成员时，主要使用的保守结构域模型是：

核心 Pfam 模型（用于中链 ADH 亚家族）

ADH 家族，特别是植物中常见的中链醇脱氢酶/还原酶 (MDR) 超家族成员，通常包含以下两个关键的 Pfam 结构域：

    PF00107：ADH_zinc_N

        名称： Zinc-binding dehydrogenase, N-terminal domain（锌结合脱氢酶，N 端结构域）

        功能： 这是一个位于蛋白 N 端的结构域，负责锌离子结合，锌离子是 ADH 酶活性位点必需的辅因子。

    PF08240：ADH_N

        名称： Alcohol dehydrogenase GroES-like domain（醇脱氢酶 GroES 样结构域）

        功能： 这是 ADH 的催化结构域之一，具有 GroES 样折叠结构。

其他相关结构域（根据亚家族而异）

1. 醇脱氢酶 (Alcohol Dehydrogenases, ADH) 基因家族

• 功能： ADH 家族的酶主要参与醇、醛、酮之间的氧化还原反应。在果实中，它们最关键的作用是将醛类（通过脂肪酸降解产生）还原成醇类。

  醛类ADH​醇类

  醇类是菠萝蜜香气主体——酯类的前体。

• 基因数目： ADH 家族在植物中通常是中等偏大的家族。例如，在番茄中发现了约 16 个 ADH 基因，在甜瓜中鉴定出了十几个 ADH 基因。菠萝蜜作为一种木本植物，其基因组中 ADH 家族成员数量也可能较多，且它们对不同醇类底物具有广泛的特异性。

2. 脂肪氧化酶 (Lipoxygenases, LOXs) 基因家族

核心结论： Pathway Tools 20.0的pathologic功能可以完全离线运行植物基因组注释，基本配置需要12-16 GB内存和多核CPU，但注释速度主要受限于其单线程架构和基因组质量。植物基因组注释需要特别注意参考数据库选择、输入文件格式规范以及后续的人工验证。

Pathway Tools是一个功能强大的代谢通路注释工具，已成功应用于155个植物和藻类基因组数据库构建。版本20.0发布于2016年底，其系统要求在后续版本中保持稳定。对于植物基因组注释项目，理解技术限制并遵循最佳实践可以显著提高注释质量和效率，将典型的假阳性率控制在7-15%范围内。

网络连接需求：核心功能完全离线

pathologic注释的核心流程无需联网运行。软件使用本地安装的MetaCyc数据库进行通路预测和代谢重建，所有基本的自动化构建过程都在本地完成。这意味着在安全隔离环境或网络受限的服务器上可以正常执行pathologic注释任务。

1.Yang修改Dockerfile
构建镜像

2.最终执行的PGDB挂载命令

docker run -d -p 1555:1555 --name test1555 -v /root/userFC/user/:/opt/data/ptools-local/pgdbs/user/ pathway:21.0 /opt/bin/run-pathway-tools.sh

#根据你的userFE所在的目录（把有##cyc的文件夹和含有PGDB-METADATA.ocelot的两个文件所在的目录挂载）有所不同
docker run -d -p 1559:1555 --name test1559 -v /user/user/:/opt/data/ptools-local/pgdbs/user/ pathway:21.0 /opt/bin/run-pathway-tools.sh
 

# Apache URL重写实现CGI路径美化 - 完整技术文档

## 1. 功能实现

### ✅ 核心功能

**实现效果**：
- **隐藏 `/cgi-bin/` 目录**：用户看不到技术细节路径
- **隐藏 `.cgi` 扩展名**：URL更简洁美观
- **自动重定向**：访问旧URL自动跳转到新URL
- **透明执行**：后台正常执行CGI程序

**具体转换**：

您有三个选择

选择A：只修改HTML + 简化的Apache配置（推荐）

修改HTML：

html

<!-- 从 -->
<form action="/cgi-bin/Artocarpus/searchGenome.cgi" method="post">
<!-- 改为 -->
<form action="/Artocarpus/searchGenome" method="post">

简化的Apache配置（只需要内部重写，不需要重定向）：

apache

<VirtualHost *:80>
ServerName morac.ficusgd.com
DocumentRoot /var/www/html

ScriptAlias /cgi-bin/ /var/www/cgi-bin/

RewriteEngine On

允许 .htaccess 覆盖（如果使用方法一）

在 Apache 配置中确保：

apache

<Directory "/var/www/html">
AllowOverride All
</Directory>

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