Submitted by admin on Sat, 11/29/2025 - 06:09
// javascript/menu-loader.js
// 仅保留页脚修改功能
(function () {
/* ========== 页脚修改 ========== */
function debugFooter(msg) {
console.log('[页脚修改] ' + msg);
}
function modifyFooter() {
// 预加载 ZWY logo
var preloadImg = new Image();
preloadImg.src = '/Artocarpus/images/ZWY_LOGO.png';
// 查找页脚表格
var footerTables = document.querySelectorAll(
'table[width="1200px"][height="100%"], table[align="center"][width="1200px"]'
);
Submitted by admin on Fri, 11/28/2025 - 11:15
menu-loader.js.OK.完美.但是需刷新25.11.5bak
这个版本快但是有时需要刷新
下面为配套的menu.html
Submitted by admin on Mon, 11/24/2025 - 08:49
如果不想改代码，仅修改表头解释 如果你决定保留这张混合表格，建议在表头或帮助文档里说明：
"The enrichment results include both KEGG Pathways (ko identifiers) and specific KEGG Orthologs (K identifiers) to highlight both metabolic processes and expanded gene families." (富集结果同时包含 KEGG 通路 和特定的 KEGG 直系同源物，以突显代谢过程和扩张的基因家族。
Submitted by admin on Thu, 11/20/2025 - 15:06
可以的。D3.js (配合 Plotly) 完全可以画出 edgeR 结果的火山图。
核心思路： 为了让你网页后端的 JS 代码（绘制火山图的部分）不需要修改，最好的办法是在 Perl 处理数据阶段（第 6 部分），将 edgeR 的输出格式“归一化”成与 DESeq2 相同的 CSV 格式。
只要生成的 CSV 文件包含表头 gene, log2FoldChange, pvalue，你的前端 JS 就能照常工作。
以下是针对你的 Perl 脚本 第 6 部分 (执行分析) 的修改方案。
1. 分析数据列对应关系
我们需要把 edgeR 的列映射到 JS 需要的列名：
你的 edgeR 数据列 (索引)
含义
目标 CSV 列名 (兼容现有的 JS)
$F[0]
Gene ID
gene
Submitted by admin on Thu, 11/20/2025 - 11:47
Submitted by admin on Thu, 11/20/2025 - 09:05
perl -anle '
BEGIN { $is_tpm = 1 }
if ($. > 1) {
for ($i=1; $i<@F; $i++) {
$sum[$i] += $F[$i]
}
}
END {
for ($i=1; $i<@sum; $i++) {
$is_tpm = 0 if ($sum[$i] < 999000 || $sum[$i] > 1001000);
printf "Col_%d: %.0f\n", $i, $sum[$i]
}
print $is_tpm ? "\n结论: 纯TPM矩阵 ✓" : "\n结论: 非TPM或已TMM标准化 ✗"
}
' genes.TPM.matrix
```
---
Submitted by admin on Tue, 11/18/2025 - 13:40
Submitted by admin on Mon, 11/17/2025 - 04:24
gene-Aa001906g0015
gene-Aa007933g0004
gene-Aa000661g0043
gene-Aa001182g0082
gene-Aa000504g0184
gene-Aa000661g0044
gene-Aa004265g0009
gene-Aa001182g0320
gene-Aa172114g0008
gene-Aa000259g0221
gene-Aa000209g0055
gene-Aa001187g0103
gene-Aa004204g0034
gene-Aa001964g0109
gene-Aa171706g0023
Submitted by admin on Sun, 11/16/2025 - 12:49
<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
<meta name="Keywords" content="mouse">
<meta name="Description" content="genomic database">
<link href="../../MouseOmics/css/dropdown.css" rel="stylesheet" type="text/css">
Submitted by admin on Sat, 11/15/2025 - 12:57
<tr><td><b>Location</b></td><td>1:1503149..1621464 -</td></tr>
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