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如何在JBrowse1中展示基因组共线性数据

基因组共线性（genomic collinearity）是指不同基因组之间或同一基因组内基因顺序和方向的保守性，通常用于研究基因组间的同线性（synteny）关系。JBrowse1 是一个基于 HTML5 和 JavaScript 的基因组浏览器，主要用于可视化基因组注释、序列比对和变异数据。然而，JBrowse1 本身并没有内置功能来直接展示基因组共线性数据（如不同基因组间或染色体间的连接线）。尽管如此，我们可以通过将共线性数据转换为 JBrowse1 支持的格式并加载为自定义轨道来实现部分可视化。以下是具体步骤：

步骤 1：准备共线性数据

首先，需要从生物信息学分析中获取共线性数据。常用的工具包括：

• MCScanX：用于检测基因组间的同线性块（synteny blocks），输出结果通常包括匹配的基因对或区域。
• 全基因组比对工具：如 LASTZ 或 MUMmer，可生成两个基因组之间的比对数据。

这些工具的输出需要进一步处理，以便转换为 JBrowse1 可识别的格式。

不使用SNP、剪接位点和外显子注释在HISAT2比对中会对后续Cufflinks表达量计算产生以下几个主要影响：

#必须引入的css和js文件（页面主题颜色控制-theme.css和超链接控制-logoLink.js)

<script type="text/javascript" src="javascript/logoLink.js"></script>

<link href="css/theme.css" rel="stylesheet" type="text/css">

#CSS 文件分析

我看了你分享的四个 CSS 文件，它们各自在你的 ArtocarpusGD 网站中扮演不同的角色：

1. dropdown.css

• 主要功能：控制网站顶部的下拉导航菜单系统
• 具体作用：
  • 设置导航菜单的基本结构和尺寸（宽度、高度、间距）
  • 控制菜单项的背景颜色、文字颜色和字体
  • 管理下拉子菜单的显示和隐藏
  • 处理鼠标悬停效果
• 必要性：必须的，因为它控制了网站的主导航结构

2. style.css

1.背景，草绿

#78935d
2.最外框,奶白

#F6F0E4

3. 原始网站的“学术”灰白色

#B3C2C7

4.若三层，可选为下面，从外及内(原始三层配色

#EEEEEE
#F5F5F5
#FFFFFF

5.在buttonstyle.css中的按钮颜色（学术灰蓝）
#337AB7  没点击时
#286090  悬停/点击后
 
6.网页字体（蓝色）
#0066FF  ???

为Perl/CGI和MySQL的网站添加搜索功能。以下是具体实现步骤：

1. 创建搜索表单

首先，在您的HTM页面中添加一个搜索表单：

<form action="/cgi-bin/search.cgi" method="GET"> <input type="text" name="query" placeholder="请输入搜索关键词..."> <button type="submit">搜索</button> </form>

2. 创建搜索处理脚本

然后，编写search.cgi Perl脚本来处理搜索请求：

<style>
  /* Override the menu background color */
  td.menu {
    background-color: #78935d !important;
  }
  .nav li {
    background: #78935d !important;
  }
</style>

#下面把字体调为bold
 

I've modified your homepage HTML code with only the two requested changes while keeping all other formatting and content exactly the same:

1. Background Color Change: Changed the header background color from #B3C2C7 to #78935d (the specified RGB color) in line 29:

    

   html

   Copy

https://zhuanlan.zhihu.com/p/23266827293

一、 工具组合：你的「AI科研三件套」

①Zotero 7：文献管理界「瑞士军刀」，新增的PDF批注翻译功能直击痛点

②DeepSeek：国产大模型「理科状元」，文献解析能力吊打多数通用AI（亲测读材料学论文效果惊艳）

③ Awesome GPT插件：打通Zotero与AI的「任意门」，一键召唤DeepSeek帮你读文献

https://zhuanlan.zhihu.com/p/669287007
二、关于zotero
zotero 7  +  Chrome浏览器的 Zotero Connector(打开zotero->工具->安装浏览器扩展）

总结：技术攻坚：Claude（代码/学术） +  Grok（前沿探索）  学术综述写作：Gemini ，润色：Claude

类型
核心优势
典型场景
关键数据
成本/限制

Gemini 2.5 Pro
长文本处理 × 多模态整合
学术研究/跨国合同审核
百万Token文档理解成本7.5美元，视频理解准确率超GPT4o 19%
输入Token超12.8万时成本翻倍

Claude 3.7 Sonnet
代码生成 × 安全合规
金融系统重构/医药研发
SWE Bench代码通过率70.3%，医疗诊断错误率0.3%
网页版输出限制严格（约30条/4小时）

1. CentOS系统/tmp/目录的性质和使用方法

在CentOS系统中，/tmp目录具有以下重要特性：

这种可视化方法在GO富集分析中是相当科学和常用的。

1. 横坐标：-log10(p.adjust)
   • 科学性：★★★★★
   • 原因：
     • 直接反映统计学显著性
     • 对p值进行对数转换，使极小的p值能直观展示
     • 矫正后的p值（p.adjust）可以有效控制多重检验问题
2. 气泡大小：Count
   • 科学性：★★★★☆
   • 优点：
     • 直接展示注释到该功能的基因数量
     • 反映功能的覆盖范围
3. 颜色深浅：GeneRatio
   • 科学性：★★★★☆
   • 优点：
     • 展示基因注释的比例
     • 补充Count无法直接体现的信息
     • 颜色梯度可以直观表示基因富集的程度

这种可视化方法的科学标准体现在：