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####测试！初步success

#在/var/www/html/Artocarpus/JBrowse-1.16.11目录下执行

bin/prepare-refseqs.pl --fasta /opt/download/genomeData/FE/FE.genome.fasta --out ArtocarpusData/json/FE

bin/flatfile-to-json.pl --out ArtocarpusData/json/FE --gff /opt/download/genomeData/FE/FE.gff3 --type mRNA --autocomplete all --trackLabel genes --key 'Gene models' --getSubfeatures --className transcript --trackType CanvasFeatures --subfeatureClasses '{"CDS": "transcript-CDS", "exon": "hidden"}' --arrowheadClass arrowhead

#浏览器显示

#########maiaDB中先建好用户，数据库；表格的设置采用“utf8mb4"

#####1.创建表格

CREATE TABLE mogu (

ID VARCHAR(15) NOT NULL,

GroupLatin VARCHAR(100) CHARACTER SET utf8mb4,

GroupCHN VARCHAR(100) CHARACTER SET utf8mb4,

LatinName VARCHAR(255) CHARACTER SET utf8mb4,

CHNName VARCHAR(255) CHARACTER SET utf8mb4,

ItName VARCHAR(255) CHARACTER SET utf8mb4,

Morphology TEXT CHARACTER SET utf8mb4,

Surroundings TEXT CHARACTER SET utf8mb4,

Habitat TEXT CHARACTER SET utf8mb4,

Url VARCHAR(255) CHARACTER SET utf8mb4,

发表于2019 年 4 月 1 日

1. 简介

现在NCBI不再提供wwwblast软件下载。且NCBI的wwwblast软件很久没更新，界面简陋，因此不推荐使用该软件进行本地化blast分析。使用SequenceServer部署本地化blast网页服务，界面简单易用，还可以同时勾选多个数据库进行比对分析。以下讲解使用Sequenceserver在Rocky 9.2 Linux系统上搭建本地化blast网页服务。

2. 安装软件

如下：

0.基因课软件下载地址

http://ftp.genek.cn:8888/Share/linux_software/

1. 日本FTP

http://ftp.gen-info.osaka-u.ac.jp/biosoft/blast/executables/release/2.2.9/

2.

https://ftp.gnu.org/gnu/grub/

3. 国际生物学数据库镜像 网站

http://ftp.cbi.pku.edu.cn

#HTTP

欧洲基因组数据库

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