我们的生信博客-QFNU

https://ftp.ensemblgenomes.org/pub/

http://plants.ensembl.org/index.html

https://data.jgi.doe.gov/refine-download/phytozome

http://asia.ensembl.org/index.html

http://www.ensembl.org/index.html

lftp -c "open https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov; mirror -c -e /genomes/all/GCA/951/799/435/GCA_951799435.1_drIleAqui2.1_alternate_haplotype/ ./Ilex_aquifolium"

#lftp可以代替wget下载，实现更快的速度
#下载打开10个并行连接，同时打开断点续传

lftp -e "pget -n 10 -c http://eggnog5.embl.de/download/eggnog_5.0/per_tax_level/2759/2759_hmms.... quit"

####用aria2多线程下载工具显著提高下载速度

#我已经wget --no-check-certificate -c https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/5/5.60-92.0/lookup_...下载这个lookup

#需要下载对应的interpro

https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/5/5.60-92.0/

#需要验证md5

#怎样使用还没有测试

######下为以前内容

为InterProScan 5.54-87.0版本下载和安装匹配的查询服务的具体步骤：

下载匹配版本的查询服务：
bash

# Installing hmmer (http://hmmer.org/)
#wget http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer-3.3.2.tar.gz -P ~/software/
wget http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer.tar.gz
tar zxf hmmer.tar.gz
cd hmmer-3.4/
./configure --prefix=/opt/biosoft/hmmer-3.4 && make -j 4 && make install
cd .. && rm -rf hmmer-3.4
echo 'PATH=/opt/biosoft/hmmer-3.4/bin/:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
cd /opt/biosoft/hmmer-3.4

 panther报错解决

1.修改

InterProScan 配置文件

1. 工作流程

1. 用户操作（如点击按钮）触发前端的 JavaScript 脚本。
2. JavaScript 使用 AJAX 向服务器发送 HTTP 请求。
3. Perl/CGI 脚本 在服务器端接收请求，处理数据（如查询数据库）并生成响应。
4. AJAX 接收服务器返回的数据，更新网页内容而无需刷新整个页面

2. 实现步骤

前端：使用 AJAX 发出请求

使用 JavaScript（通过 XMLHttpRequest 或 Fetch API）发出 AJAX 请求。例如：

1.JSON模块的使用

use JSON;

#将perl数据转为JSON

my $json = to_json($data);

#将JSON字符串转为perl数据结构

my $decoded = from_json($json_string);

2.数据库交互

use DBI;

my $dbh = DBI->connect("");

my $sth = $dbh->prepare("SELECT sql sentence");

$sth->execute($gene_id);

my $row = $sth->fetchrow_hashref/

print $cgi->header('application/json');

print to_json($row);

将 SequenceServer 3.1.3 的页面与您自己网站的风格相融合，可以通过以下步骤实现：

1. 修改 HTML 模板

SequenceServer 的前端界面是由 HTML、CSS 和 JavaScript 构成的。要融合到您的网站风格中，可以：

• 定位 SequenceServer 的 HTML 模板文件（通常位于 sequenceserver/views 目录下）。
• 修改模板中的结构和样式，使其与您的网站布局一致。例如，添加您的网站头部和底部导航栏，调整内容布局。

2. 自定义 CSS 样式

要将 MySQL 中的数据库名称从 ArtocarpusGD 修改为 IlexGD，可以按照以下步骤操作：

方法一：使用 MySQL 命令行工具

1. 备份数据库 运行以下命令以备份原有数据库：

   mysqldump -u username -p ArtocarpusGD > ArtocarpusGD_backup.sql

   替换 username 为你的 MySQL 用户名。mysqldump -uroot -p123456 ArtocarpusGD > ArtocarpusGD_backup.sql

2. 创建新数据库 在 MySQL 命令行中执行以下命令：

   CREATE DATABASE IlexGD;

3. 导入备份到新数据库 将备份文件导入新创建的数据库：

   mysql -u username -p IlexGD < ArtocarpusGD_backup.sql

# 7. GO 注释
mkdir -p /home/train/13.functional_annotation/07.GO
cd /home/train/13.functional_annotation/07.GO

# 整合eggNOG和InterPro中的GO注释结果
go_from_eggNOG_and_interpro.pl ../04.eggNOG/eggNOG.emapper.annotations ../05.InterPro/interpro.tsv > go.annot
go_reducing_go_number_para.pl /opt/biosoft/go_class/bin/go-basic.obo go.annot 8 > go_reduced.annot
sort go_reduced.annot > go.annot; rm go_reduced.annot
gene_annotation_from_table.pl go.annot > GO.txt

##1.找到日志文件路径

docker inspect <container_id> | grep LogPath
#（输出类似于"LogPath": "/var/lib/docker/containers/<container_id>/<container_id>-json.log",））

##2.清空日志

echo "" > /var/lib/docker/containers/<container_id>/<container_id>-json.log

#或者下面方法

truncate -s 0 /var/lib/docker/containers/<container_id>/<container_id>-json.log
 

#若pathway容器开启后报错 If this server is no longer running, remove /tmp/.X99-lock   and start again.

rm /tmp -rf

docker restart