我们的生信博客-QFNU

eggNOG注释可以间接获得KEGG注释结果，但需通过其整合的数据库映射实现。以下是具体机制、操作方法和注意事项：

一、eggNOG与KEGG的关联机制

eggNOG（Evolutionary Genealogy of Genes: Non-supervised Orthologous Groups）是一个跨物种的直系同源基因数据库，其注释整合了多个公共数据库（包括KEGG）。具体关联方式如下：

若必须使用 Perl/CGI，需在论文中 主动解释技术选择并证明其合理性：

• 强调遗留代码复用：
  “The Perl/CGI framework was chosen to integrate with existing legacy analysis tools, ensuring backward compatibility.”
• 补充性能优化：
  “We implemented FastCGI and caching mechanisms to enhance response speed under high concurrency.”
• 安全加固说明：
  “All user inputs are sanitized using DBI placeholders and HTML escaping is enforced via Template Toolkit.”

四、替代方案建议（优先推荐）

# 下载并解压（以 Linux 为例）
wget https://github.com/shenwei356/seqkit/releases/download/v2.6.0/seqkit_lin...
tar -zxvf seqkit_linux_amd64.tar.gz

# 将 seqkit 移动到可执行路径（如 /usr/local/bin）
sudo mv seqkit /usr/local/bin/

# 验证安装
seqkit version
 

###awk命令替换pep序列中间的*并记录位置到replaced_positions.log

本地部署MDN文档的完整流程

# 1. 获取离线文档包（任选其一）

# 方式A：直接下载预编译镜像 wget https://mdn-mirror.example.com/mdn-static-latest.zip unzip mdn-static-latest.zip -d /var/www/mdn/

# 方式B：从源码构建（需要Node.js环境） git clone https://github.com/mdn/content.git cd content && npm install npm run build cp -r build/* /var/www/mdn/

服务器配置指南

tripal搭建基因组数据库网站
下载tripal官方镜像：

docker pull   tripalproject/tripaldocker:latest

下载tripal模块:

git clone https://github.com/tripal/t4d8

启动镜像运行网站:

docker run --publish=80:80 --name=t4d8 -tid --volume=/web/t4d8:/var/www/drupal8/web/modules/contrib/tripal tripalproject/tripaldocker:latest

常见错误1：The provided host name is not valid for this server.  解决办法见：https://tripal4.readthedocs.io/en/latest/install/docker.html

常见错误2：

https://github.com/shadowsocks/shadowsocks-android

#/home/train目录下

#下载miniconda （https://conda.io/miniconda.html）

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-py39_25.1.1-2-Linux-x86_64.sh -P ~/software

sh ~/software/Miniconda3-py39_25.1.1-2-Linux-x86_64.sh

# 进入交互式界面：输入yes，按Enter键，表示同意license； 输入安装路径/opt/biosoft/miniconda3，按enter键； 设置是否添加Minicoda3的PATH变量，直接按Enter键，表示选择no，以免和系统自带的软件冲突。若需要切换到本miniconda3环境，输入命令export PATH=/opt/biosoft/miniconda3/bin:$PATH即可。

原因分析：

• Conda 默认配置了 auto_activate_base: true，所以每次打开终端都会自动激活 base 环境。
• 这会影响 PATH 变量，并在提示符前加上 (base)，可能会干扰你其他程序或软件的运行。

解决方案：

1. 禁用 base 环境的自动激活

通过修改 Conda 配置文件来关闭自动激活：

conda config --set auto_activate_base false

2. 手动激活 base 环境

关闭自动激活后，如果你需要使用 base 环境，只需手动激活：

conda activate base

#miniconda的下载地址

https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_25.1.1-2-Linux-x86_6...

Conda 可以使用国内的镜像源来加速下载。以下是几个常用的国内镜像源：

• 清华大学： https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
• 中科大： https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

 gff3_2NONAME.pl   gff3文件中的Name=选项进行去除