Submitted by admin on Sat, 01/04/2025 - 16:24
1.InterproScan 5.54-87.0 配套的Panther为 Panther15.0
Panther下载：https://pantherdb.org/downloads/index.jsp
2.修改interproscan.properties文件
将 binary.getorf.parser.filtersize=8 修改为3
3.
./interproscan.sh -t n -i xaa -f XML -d erecta/ -appl Pfam,PANTHER -goterms -iprlookup -cpu 6
4.
./interproscan.sh -t p -i xaa.pep.fasta -f TSV,GFF3,JSON -d erecta/ -appl Pfam,PANTHER,cdd,gene3d,superfamily -goterms -iprlookup -cpu 8
Submitted by admin on Sat, 01/04/2025 - 14:30
1.打开eggnog网站，点击“浏览文件”，选择要注释的文件，并在下方填写自己的邮箱
2.点击最下方的submit，提交注释申请后，填写的邮箱会收到一封网站发来的邮件
3.打开该邮件，点击“Click to manage your job”，跳转至eggnog页面，点击start开始工作
4.一定时间后会在邮箱中收到注释完成的提醒邮件，点击“Click to manage your job”，及时下载注释结果
其他：提交注释申请前，可在eggnog页面下方的Annotation options的Taxonomic Scope中选择与待注释文件比照的物种，以得到更精确的注释结果
Submitted by admin on Sat, 01/04/2025 - 03:58
# 本地化基因组数据库构建
mkdir /opt/biosoft/ncbi-blast-2.9.0+/db/
cd /opt/biosoft/ncbi-blast-2.9.0+/db/
# 构建核酸数据库
#makeblastdb -in ~/00.incipient_data/data_for_genome_assembling/assemblies_of_Malassezia_sympodialis/Malassezia_sympodialis.genome_V01.fasta -dbtype nucl -title Malassezia_sympodialis_V01.genome -parse_seqids -out #Malassezia_sympodialis_V01.genome -logfile Malassezia_sympodialis_V01.genome.log
# 构建蛋白质数据库
Submitted by admin on Wed, 01/01/2025 - 12:17
## g. 使用MCScanX进行共线性区块分析
mkdir -p /home/train/14.genome_comparison/g.MCScanX
cd /home/train/14.genome_comparison/g.MCScanX
# 准备2个物种基因组的蛋白质序列文件和GFF文件
ln -s ../a.preparing_data/laame.geneModels.gff3 ./
ln -s ../a.preparing_data/laame.protein.fasta ./
ln -s ../a.preparing_data/laame.genome.fasta ./
ln -s ../a.preparing_data/plost.geneModels.gff3 .
ln -s ../a.preparing_data/plost.protein.fasta .
ln -s ../a.preparing_data/plost.genome.fasta ./
Submitted by admin on Mon, 12/30/2024 - 12:47
一、使用gffread提取CDS和蛋白序列
gffread 是一个高效工具，支持从 GFF3 文件中提取 CDS 和 蛋白序列。
conda install -c bioconda gffread
提取CDS和蛋白序列
-
提取 CDS 序列：
/opt/biosoft/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64/gffread example.gff3 -g genome.fasta -x cds.fasta
- -g genome.fasta：提供参考基因组序列。
- -x cds.fasta：生成的 CDS 序列文件。
-
提取蛋白质序列：
/opt/biosoft/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64/gffread example.gff3 -g genome.fasta -y protein.fasta
- -y protein.fasta：生成的蛋白质序列文件。
注意事项
Submitted by admin on Mon, 12/30/2024 - 09:32
$(function(){
$("#download").click(function(){
var dir;
var suffix;
switch($("#type").val())
{
case "0":
dir = "00.genomeSeq";
suffix = "_genome.txt.gz";
break;
case "1":
dir = "01.cdsSeq";
suffix = "_cds.fa.gz";
break;
case "2":
dir = "02.pepSeq";
suffix = "_pep.fa.gz";
break;
default:
return;
}
Submitted by admin on Sat, 12/28/2024 - 03:12
#登服务器
ssh train@10.31.23.13
输入密码
#切换root用户
sudo su -
cd /home/train/
#进入docker 内部，已经布置好所有基因家族分析的软件
sh geneFamilyRun.sh
#具体流程（WRKY基因家族为例）
less -S w.sh
#根据列出的流程操作就可以，（也可以先下载拟南芥的序列练习）
#退出Docker容器
exit
Submitted by admin on Thu, 12/26/2024 - 09:55
[train@localhost sunpengbin]$ less duochong_hash.pl
#!/usr/bin/env perl
use strict;
Submitted by admin on Wed, 12/25/2024 - 05:16
immersivetranslate.com
打开网站后下滑，在“安装浏览器插件”位置找到电脑对应浏览器（推荐edge或chrome），获取插件后更改设置
Submitted by admin on Wed, 12/25/2024 - 03:30
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