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未验证（为mRNA添加Note属性，Name属性不必须）：

是的，你理解得完全正确。如果原始的GFF3文件中没有Note属性或其他包含功能注释的属性字段，你需要：

1. 修改GFF3文件，添加所需的功能注释信息
   • 可以在每个mRNA或gene特征的第9列(属性列)中添加Note属性
   • 例如：ID=gene001;Name=GeneA;Note=编码光合作用相关蛋白
2. 重新导入修改后的GFF3文件
   • 使用与之前相同的flatfile-to-json.pl命令导入含有Note属性的新GFF3文件
   • 这将更新JSON数据，使其包含新添加的功能注释信息

修改GFF3文件添加注释的简单示例：

https://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?ko:K23408
修改?后为自己KO号

1.Chrome清理缓存

1. 打开Chrome浏览器，使用快捷键 Ctrl+Shift+Delete（Windows/Linux）或 Command+Shift+Delete（Mac）256。
2. 在弹出的窗口中：
   • 时间范围：选择"所有时间"以彻底清理缓存16。
   • 勾选项：至少选择"缓存的图片和文件"，其他如Cookie、浏览历史等按需勾选35。
3. 点击 “清除数据” 完成操作13。

2.Chrome无痕浏览
      

<!-- Original code -->
<label class="control-label" for="edit-example-id">
    <input type="checkbox" id="show-example" onclick="ResetFun()" style="margin-right: 5px;">Show an Example ID
</label>

<!-- Modified code -->
<label class="control-label" for="edit-example-id">
    <input type="checkbox" id="show-example" onclick="ResetFun()" style="margin-right: 5px;">Show Example ID
</label>

在修改后的CGI程序中，我添加了详细的日志功能，可以帮助你跟踪每个步骤的执行情况。以下是查看日志的方法：

日志文件位置

程序的主要日志文件保存在服务器的以下位置：

/tmp/systemd-private-08737f5a46514480b26149ddab3a3da8-httpd.service-EJMWPg/tmp/go_logs

/tmp/go_logs/go_enrichment_[时间戳].log

每次有新的分析任务提交时，都会创建一个带有时间戳的新日志文件。

如何查看日志

假设你有服务器的SSH访问权限，可以使用以下命令查看日志：

1. 查看最新的日志文件：

    

    

   bash

   ls -lt /tmp/go_logs/ | head
   cat /tmp/go_logs/go_enrichment_[最新时间戳].log

2. 实时监控日志更新（当程序正在运行时）：

    

    

   bash

• 找到php.ini文件位置：
  • 使用PHP命令查看：php --ini
  • 或创建一个包含<?php phpinfo(); ?>的文件，在浏览器中打开它，查找"Loaded Configuration File"行
• 编辑php.ini文件：

   

   

  # 使用文本编辑器打开文件，例如：
  sudo nano /etc/php/[版本号]/apache2/php.ini # Debian/Ubuntu系统
  sudo nano /etc/php.ini # CentOS/RHEL系统

• 修改以下设置：

   

   

使用说明

1. 将这两个脚本保存为 build-index.cgi 和 simple-search.cgi，放到您的 /var/www/cgi-bin/Artocarpus 目录下。
2. 确保脚本有执行权限：

    

    

   chmod 755 build-index.cgi simple-search.cgi

3. 安装必要的 Perl 模块（如果尚未安装）：

    

    

   cpan HTML::Parser JSON

4. 执行构建索引脚本来创建初始索引：

    

    

   /var/www/cgi-bin/Artocarpus/build-index.cgi

5. 设置定期重建索引（例如，每周或每天一次）：

    

    

   0 2 * * * /var/www/cgi-bin/Artocarpus/build-index.cgi > /dev/null 2>&1

简化的菜单替换方案
<script type="text/javascript" src="javascript/menu-loader.js"></script>
<script type="text/javascript" src="../../Artocarpus/javascript/menu-loader.js"></script>
 

一个简单方案，只替换菜单部分而不改变页面其他结构。

1. menu.html 文件内容

创建 /var/www/html/Artocarpus/menu.html 文件，只包含菜单内容：

html

用JavaScript的方法（可以很好地覆盖现有网页代码的菜单格式设置，而不需要修改每个页面的HTML结构。这是一种非常灵活的解决方案，特别适合需要在现有网站上统一导航菜单的情况。

以下是实现这种方法的具体步骤：

1. 创建菜单HTML文件

首先，创建一个包含您想要的完整菜单HTML代码的文件，例如 menu.html：

html

1.深度阅读+管理：Zotero插件组合 知云文献翻译
2.高精度翻译： DeepL学术版或海鲸AI
 

另一回答
精准翻译-知更鸟、DeepL
深度文献管理-小绿鲸+Zotero(配合DeepL插件）

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