我们的生信博客-QFNU

We made a detailed record of each genome article, including the title, publication date, journal, and PMID. For each genome, we manually collected information from the articles, including the genome size, assembly level, and number of predicted genes. To show the landscape of the chromosomes in the genome, MCscan [19] (https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version)) was used to display the gene density on each chromosome.

Case study

  读文献要读人，读典和读新。

 1.读人

      维基百科页面了解学者信息 https://en.wikipedia.org/wiki/David_R._Liu

      1.1系统性搜索文章

          通过 谷歌学术的学者页 去搜索一个人的代表性工作。（谷歌学术搜索David R. Liu，第一个搜索就会推荐这位学者的主页）

          1.1.1对该学者的文献重点关注一下几点

1.let i

    在JavaScript的for循环中，let i 的含义如下：

          let - 这是一种变量声明关键字，它创建了一个块级作用域的变量。与旧的 var 不同，let 声明的变量只在包含它的代码块（比如for循环）内有效。

###1.权限问题
# 或者方法2：更安全的方式（推荐） # 将www-data替换为您实际的Web服务器用户名（可能是apache、nginx等）

chown www-data:www-data /opt/download/MISA

chown www-data:www-data /opt/download/MISA/SSR

# 如果这个目录存在的话

chmod 755 /opt/download/MISA chmod 755 /opt/download/MISA/SSR

###2.命令路径问题

#cgi代码中执行程序写绝对路径

my $cmd = "cd /opt/download/MISA && /opt/biosoft/Misa_Primer3/misa.pl $filename.out";
system($cmd);

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use CGI;

# 创建新的CGI对象
my $cgi = new CGI;

# 获取hidden字段的值
my $project_id = $cgi->param('projectid');
my $rna_type = $cgi->param('RNAtype');
my $description = $cgi->param('description');
my $experiment = $cgi->param('Experiment');

Breadfruit                    (Artocarpus altilis (Parkinson) Fosberg, Moraceae)    

GhostKOALA是KEGG开发的专门用于大规模序列注释的工具，能够一次性处理多达10万条序列，完全可以满足你5万条蛋白序列的注释需求。

一、基本信息

• 最大容量：一次可处理100,000条序列（远超KAAS的10,000-20,000条限制）
• 算法：使用GHOSTX算法，比KAAS使用的BLAST更快
• 预计时间：5万条序列大约需要8-24小时（取决于服务器负载）
• 官方网址：https://www.kegg.jp/ghostkoala/

二、详细使用步骤

1. 准备序列文件

>protein1 MVKDQRRRSMVVLKLLVTVVTCMMASRNTVLML... >protein2 MKKAILSVLSIALSFVSFANAHSDSSSSDAP...

确保：

#用156的6核加限制内存进行inerpro注释详细记录
# 设置Java内存参数
export JAVA_OPTS="-Xms1024m -Xmx50000m"
    #该命令解析
   命令 export JAVA_OPTS="-Xms1024m -Xmx50000m" 在运行InterProScan前设置Java虚拟机(JVM)的内存参数，这对成功运行大规模分析至关重要。
   命令详解
   export：
  这是一个shell命令，用于设置环境变量
  使变量对当前shell会话和所有子进程可用
  JAVA_OPTS：
  这是一个特殊的环境变量，许多Java应用程序(包括InterProScan)会查找此变量
  InterProScan启动脚本会读取这个变量并将其内容传递给Java命令
  -Xms1024m：
  设置Java堆内存的初始大小为1024MB(1GB)
  这是JVM启动时立即分配的内存量
  -Xmx50000m：
  设置Java堆内存的最大大小为50000MB(约50GB)
  这是JVM可以使用的最大内存量

###1.检查方法

# 查看InterProScan相关进程是否仍在运行
ps aux | grep interpro

# 查看最近的日志文件是否还在更新
ls -ltr /path/to/interproscan/logs/

# 查看系统日志中是否有OOM Killer记录
dmesg | grep -i "out of memory"

###2.解决方法

# 运行优化版本
./interproscan.sh -i protein.fasta -f TSV -cpu 8 -dp -iprlookup \
-pa -goterms -Xms2048m -Xmx46000m

关键参数说明：

• -cpu 8：限制使用8个CPU核心（防止过载）
• -Xms2048m -Xmx46000m：Java内存初始2GB，最大46GB
• -dp：禁用预计算匹配查询（减少内存使用）

####！！！！最优解决方案