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#miniconda的下载地址

https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_25.1.1-2-Linux-x86_6...

Conda 可以使用国内的镜像源来加速下载。以下是几个常用的国内镜像源：

• 清华大学： https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
• 中科大： https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

 gff3_2NONAME.pl   gff3文件中的Name=选项进行去除

解决方案

在导入 JBrowse 之前，建议你先修正 GFF3 文件：方法：1.gffread 2./home/train/sunpengbin/gff3_validator_updateCDSSIMILARY.pl

1. 过滤异常 CDS 关系：
   • 你可以删除 Parent 关联 超过阈值（如 10 个） 的 CDS：

     awk '$3=="CDS" {split($9, a, ";"); for (i in a) if (a[i] ~ /^Parent=/) {gsub("Parent=", "", a[i]); n=split(a[i], parents, ","); if (n > 10) print $0}}' genome.gff3

   • 这样可以找到 Parent 过多的 CDS 记录，手动检查。
2. 使用 AGAT 进行 GFF3 格式校验：

   agat_convert_sp_gff2gff3.pl --gff genome.gff3 -o fixed.gff3

###eggNOG32G内存注释完整步骤

#开启screen

screen -S eggArHeCHN

#diamond比对

diamond blastp --db eggnog_proteins --query ./ArHeCHN.chr.pep --out eggNOG.xml --outfmt 5 --sensitive --max-target-seqs 20 --evalue 1e-5 --id 10 --tmpdir /dev/shm --index-chunks 1

运行时间1h7min

  ？ --threads  是否可以调整命令时采用的线程数 ？#In-house Perl脚本提取xml比对结果

parsing_blast_result.pl --no-header --max-hit-num 1 --HSP-num 1 eggNOG.xml | cut -f 1,2,11,12 > eggNOG.emapper.seed_orthologs

#在111上测试执行下面的命令

注意：如果粘贴后代码格式混乱，可以：

1. 在粘贴之前，先进入 vi 编辑器
2. 输入 :set paste 按 Enter
3. 然后再按 i 进入插入模式
4. 粘贴代码
5. 完成后按 Esc，然后 :wq 保存退出

这样可以保持代码的原有格式。

优化点总结
1.使用 Plotly.react() 代替 Plotly.newPlot()，加快绘图速度。
2.去除 @linked_gene_ids，防止 <a> 标签导致 JavaScript 解析问题。
✅ 确保 data 里的值是数值，避免 null 或字符串影响 Plotly 解析。
✅ 改用 document.addEventListener("DOMContentLoaded", function() {...}) 确保 DOM 先加载。
✅ 提前渲染 div，避免 JavaScript 过早执行而找不到 div。

这样应该可以提高速度和稳定性，你可以试试看！ 🚀

#经过严格测试，发现1.不使用json速度会很快； 2.把js文件放到本地/var/www/html/Artocarpus/javascript/文件夹下速度很快.以下为修改后的代码：

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use DBI;
use CGI;
use List::Util qw(max min);

解决步骤

1. 使用 Rocky Linux 安装介质进入救援模式

1. 下载 Rocky Linux 的 ISO 镜像，制作启动 U 盘（使用工具如 Rufus 或 dd）。
2. 将系统设置为从 U 盘启动。
3. 在启动菜单中选择：

   Troubleshooting > Rescue a Rocky Linux system

4. 系统会提示是否尝试挂载现有的 Linux 系统，选择 1（继续挂载到 /mnt/sysimage）。

2. 进入系统环境

如果救援模式成功挂载了你的系统根分区，执行以下命令切换到系统环境：

chroot /mnt/sysimage

此时你已经进入了你的系统环境，可以尝试修复 GRUB。

3. 重新安装或修复 GRUB

检查分区表和 GRUB 配置

1. 确认 /boot 分区是否存在：

   ls /boot

yes y | ./download_eggnog_data.py Download main annotation database? [y,n] Downloading "eggnog.db" at /opt/biosoft/eggnog-mapper-2.1.11/data... cd /opt/biosoft/eggnog-mapper-2.1.11/data && wget -nH --user-agent=Mozilla/5.0 --relative --no-parent --reject "index.html*" --cut-dirs=4 -e robots=off -O eggnog.db.gz http://eggnogdb.embl.de/download/emapperdb-5.0.2/eggnog.db.gz && echo Decompressing...

1. 如果你无法使用 download_eggnog_data.py 脚本下载，你也可以手动下载 DIAMOND 数据库。到 EggNOG 官网或者数据库下载页下载相应的数据库文件并按照需要的路径解压。

   例如：

   wget http://eggnog5.embl.de/download/eggnog_5.0/eggnog_proteins.dmnd.tar.gz tar -zxvf eggnog_proteins.dmnd.tar.gz

步骤 2: 下载并解压其他注释文件

除了 DIAMOND 数据库，你还需要下载 EggNOG 注释数据库（例如 annotations.tsv.gz 和 eggNOG.db 文件）。

1. 找到 eggnog-mapper 的默认数据库目录

运行以下命令查看 eggnog-mapper 数据库的默认位置：

emapper.py --data_dir

这会输出当前使用的数据库目录（例如 /path/to/eggnog-mapper/data）。

2. 将手动下载的数据库移动到默认位置

将您的 HMM 数据库文件移动到刚才查询的 data 目录下。假设默认数据库路径是 /path/to/eggnog-mapper/data，运行以下命令：

mv EggNOG_Eukaryota.hmm* /path/to/eggnog-mapper/data/

确保数据库和索引文件都在同一目录下。

3. 使用 --database 参数指定数据库

在运行 emapper.py 时，使用 --database 参数指定手动下载的数据库。例如：

emapper.py -i input_proteins.fasta --output results --database EggNOG_Eukaryota.hmm --cpu 8