KEGG_enrichment即pathway_enrichment模块的设置

1.注意后台的pathway_SP.pl可以设置生成的富集通路图,目前设置为2
2.程序调用命令
perl pathview_SP.pl --cpu 4 --kokeg ko00001.keg functional_annotation.KEGG.txt ../pppppp
默认是采用了四线程,根据服务器性能可以做出调整

GOenrichment网页完美版本

<html>
<head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
    <meta name="Keywords" content="Artocarpus, GO enrichment">
    <meta name="Description" content="ArtocarpusGD, Artocarpus, GO enrichment analysis">
    <script type="text/javascript" src="javascript/query.js"></script>
    <script type="text/javascript" src="javascript/logoLink.js"></script>
    <link href="css/buttonstyle.css" rel="stylesheet" type="text/css">

三层距离不一样的原因和调整

问题分析

  1. 表格间距(cellspacing)设置不同:
    • JBrowse.htm: 外层和中层表格使用cellspacing="15px",内层表格使用cellspacing="10px"
    • Version2: 所有表格统一使用cellspacing="20px",这导致了更大的间距
  2. 表格内容结构:
    • JBrowse.htm在内层表格结束后使用了&nbsp;,可能影响了元素间的紧凑度
    • Version2的表格行高和单元格间距更大

框架内加载

修改方案:给网页添加 Home 和 Image 选项卡并实现框架内加载

分析了您的 Perl CGI 代码,我发现这是一个展示基因组信息的网页,现在需要添加新的导航选项并实现在同一框架内加载内容。

修改思路

  1. 在现有导航栏左侧添加 Home 和 Image 链接
  2. 使用 iframe 或 JavaScript 实现在同一页面内加载内容,保持顶部导航栏不变
  3. 确保 Home 链接能够返回主页

实施方案

第一部分:修改导航链接

找到代码中的这一部分(出现在两个地方):

 

 

 

perl

关于在线primer3的几点总结

1.文件
/var/www/html/下有  primer3web_input.htm  primer3web_help.htm
/var/www/cgi-bin/下有

primer3_core
primer3web_help.cgi
primer3web_results.cgi
todrep_and_simple.txt human等四个txt文件

github上一个共线性作图的perl代码和在线网站

https://github.com/LyonsLab/coge
 

CoGe (Comparative Genomics) Platform

 

CoGe is a web-based platform that provides tools and databases to assist biologists with comparative genomics research. http://genomevolution.org

 

For detailed installation instructions please visit: http://genomevolution.org/wiki/index.php/Install_coge

 

芳樟醇合酶TPS14/LIS的信息linalool

K15086

TPS14; (3S)-linalool synthase [EC:4.2.3.25]

K15087

E4.2.3.26; (3R)-linalool synthase [EC:4.2.3.26]

K17982

TPS04, GES; geranyllinalool synthase [EC:4.2.3.144]

K22049

LIS; S-linalool synthase [EC:4.2.3.25]

 

 

K23810

CYP76F14; (E)-8-carboxylinalool synthase [EC:1.14.14.-]

WORD文件中图片格式不压缩及重复导出方法

方法 1:禁用压缩后重新插入图片(最佳质量)

适用场景:允许重新插入图片或处理未来文档

  1. 关闭 Word 图片压缩(以 Office 365/2019 为例):
    • 文件 → 选项 → 高级 → 勾选 "不压缩文件中的图像"
    • 旧版本(如 2010/2013):需修改注册表(谨慎操作)或通过「另存为 PDF」间接保留质量。
  2. 重新插入原始图片到文档,保存后右键图片 → 另存为图片,此时导出的为未压缩版本。

方法 2:另存为网页提取原始文件(无需重插图片)

适用场景:快速导出已插入的图片

生物信息学软件版本汇总

Pfam 36.0  (http://pfam-legacy.xfam.org/) (Mistry et al., 2021)

HMMER v3.4   (http://hmmer.org/).

MAFFT v7.520 (Rozewicki et al., 2019)
 

TMHMM v2.0 (https://services.healthtech.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/) (Krogh et al., 2001)

sequenceserver步骤blast各种库步骤

#1.配置文件/etc/sequenceserver.conf的文件内容,我的如下

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