Submitted by admin on Thu, 11/20/2025 - 15:06
可以的。D3.js (配合 Plotly) 完全可以画出 edgeR 结果的火山图。
核心思路： 为了让你网页后端的 JS 代码（绘制火山图的部分）不需要修改，最好的办法是在 Perl 处理数据阶段（第 6 部分），将 edgeR 的输出格式“归一化”成与 DESeq2 相同的 CSV 格式。
只要生成的 CSV 文件包含表头 gene, log2FoldChange, pvalue，你的前端 JS 就能照常工作。
以下是针对你的 Perl 脚本 第 6 部分 (执行分析) 的修改方案。
1. 分析数据列对应关系
我们需要把 edgeR 的列映射到 JS 需要的列名：
你的 edgeR 数据列 (索引)
含义
目标 CSV 列名 (兼容现有的 JS)
$F[0]
Gene ID
gene
Submitted by admin on Thu, 11/20/2025 - 11:47
Submitted by admin on Thu, 11/20/2025 - 09:05
perl -anle '
BEGIN { $is_tpm = 1 }
if ($. > 1) {
for ($i=1; $i<@F; $i++) {
$sum[$i] += $F[$i]
}
}
END {
for ($i=1; $i<@sum; $i++) {
$is_tpm = 0 if ($sum[$i] < 999000 || $sum[$i] > 1001000);
printf "Col_%d: %.0f\n", $i, $sum[$i]
}
print $is_tpm ? "\n结论: 纯TPM矩阵 ✓" : "\n结论: 非TPM或已TMM标准化 ✗"
}
' genes.TPM.matrix
```
---
Submitted by admin on Tue, 11/18/2025 - 13:40
Submitted by admin on Mon, 11/17/2025 - 04:24
gene-Aa001906g0015
gene-Aa007933g0004
gene-Aa000661g0043
gene-Aa001182g0082
gene-Aa000504g0184
gene-Aa000661g0044
gene-Aa004265g0009
gene-Aa001182g0320
gene-Aa172114g0008
gene-Aa000259g0221
gene-Aa000209g0055
gene-Aa001187g0103
gene-Aa004204g0034
gene-Aa001964g0109
gene-Aa171706g0023
Submitted by admin on Sun, 11/16/2025 - 12:49
<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
<meta name="Keywords" content="mouse">
<meta name="Description" content="genomic database">
<link href="../../MouseOmics/css/dropdown.css" rel="stylesheet" type="text/css">
Submitted by admin on Sat, 11/15/2025 - 12:57
<tr><td><b>Location</b></td><td>1:1503149..1621464 -</td></tr>
Submitted by admin on Wed, 11/12/2025 - 03:43
. 野生大麦 (Hordeum vulgare) - 干旱 vs. 湿润地点
Submitted by admin on Sat, 11/08/2025 - 14:59
好的，没问题。
根据您提供的项目号 PRJNA661997，我帮您查询了详细信息。
📄 关联的文章
这个数据集（PRJNA661997）与下面这篇预印本（Preprint）文章相关。预印本是尚未经过同行评审的草稿，但这不影响您使用它公开的数据。
Submitted by admin on Sat, 11/08/2025 - 14:43
菠萝蜜 (Artocarpus heterophyllus) 转录组原始计数矩阵 (Raw Count Matrix) 数据资源分析报告
第一部分：菠萝蜜处理转录组矩阵的现状
A. 核心请求的直接回应
针对用户提出的关于菠萝蜜 (Artocarpus heterophyllus) 转录组研究中，寻找可直接下载的“rawCount.matrix”（原始计数矩阵数据）的具体技术需求，本报告的结论是：在对当前主流公共数据库和相关文献进行详尽检索后，未发现有研究公开发布一个“即用型”(ready-to-use) 的原始计数矩阵文件以供直接下载。
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