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1. 找到 eggnog-mapper 的默认数据库目录

运行以下命令查看 eggnog-mapper 数据库的默认位置：

emapper.py --data_dir

这会输出当前使用的数据库目录（例如 /path/to/eggnog-mapper/data）。

2. 将手动下载的数据库移动到默认位置

将您的 HMM 数据库文件移动到刚才查询的 data 目录下。假设默认数据库路径是 /path/to/eggnog-mapper/data，运行以下命令：

mv EggNOG_Eukaryota.hmm* /path/to/eggnog-mapper/data/

确保数据库和索引文件都在同一目录下。

3. 使用 --database 参数指定数据库

在运行 emapper.py 时，使用 --database 参数指定手动下载的数据库。例如：

emapper.py -i input_proteins.fasta --output results --database EggNOG_Eukaryota.hmm --cpu 8

#进入工作目录

/home/train/hd/interproscan-5.72-103.0

#执行八个库的命令-成功

 ./interproscan.sh -t p -i 100.fasta -f TSV,gff3 -d ArHeCHN/ -appl Pfam,PANTHER,Gene3D,SMART,funfam,CDD,SUPERFAMILY,prints -goterms -iprlookup -cpu 8 > ArHeAnnot.log 2>&1

##又或者执行五个库的命令-成功

./interproscan.sh -t p -i ArNa.pep.fasta -f TSV,gff3 -d ArNa/ -appl cdd,Gene3D,SUPERFAMILY,Pfam,PANTHER -goterms -iprlookup -cpu 8

以下是推荐的 8 个综合性功能库，这些库覆盖了结构预测、功能注释、蛋白质家族分析和功能位点识别的多个方面，能够满足大多数基因组和蛋白质功能注释的需求：

1. Pfam (37.1)

• 功能：识别蛋白质家族和功能域。
• 特点：基于 HMM，广泛使用的蛋白质家族数据库。
• 适用场景：常规蛋白功能域注释。

2. PANTHER (19.0)

• 功能：蛋白质功能分类和基因组功能分析。
• 特点：提供进化关系和功能预测。
• 适用场景：研究基因功能和信号通路分析。

3. ProSitePatterns (2023_05)

1.删除~/hd3

2.原来挂载在~/hd3的/dev/sdb????

3.将/dev/sdb挂载到~/hd上，并设置好/etc/fstab------------------/dev/sdb的容量为4T

https://ftp.ensemblgenomes.org/pub/

http://plants.ensembl.org/index.html

https://data.jgi.doe.gov/refine-download/phytozome

http://asia.ensembl.org/index.html

http://www.ensembl.org/index.html

lftp -c "open https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov; mirror -c -e /genomes/all/GCA/951/799/435/GCA_951799435.1_drIleAqui2.1_alternate_haplotype/ ./Ilex_aquifolium"

#lftp可以代替wget下载，实现更快的速度
#下载打开10个并行连接，同时打开断点续传

lftp -e "pget -n 10 -c http://eggnog5.embl.de/download/eggnog_5.0/per_tax_level/2759/2759_hmms.... quit"

####用aria2多线程下载工具显著提高下载速度

#我已经wget --no-check-certificate -c https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/5/5.60-92.0/lookup_...下载这个lookup

#需要下载对应的interpro

https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/5/5.60-92.0/

#需要验证md5

#怎样使用还没有测试

######下为以前内容

为InterProScan 5.54-87.0版本下载和安装匹配的查询服务的具体步骤：

下载匹配版本的查询服务：
bash

# Installing hmmer (http://hmmer.org/)
#wget http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer-3.3.2.tar.gz -P ~/software/
wget http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer.tar.gz
tar zxf hmmer.tar.gz
cd hmmer-3.4/
./configure --prefix=/opt/biosoft/hmmer-3.4 && make -j 4 && make install
cd .. && rm -rf hmmer-3.4
echo 'PATH=/opt/biosoft/hmmer-3.4/bin/:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
cd /opt/biosoft/hmmer-3.4

 panther报错解决

1.修改

InterProScan 配置文件

1. 工作流程

1. 用户操作（如点击按钮）触发前端的 JavaScript 脚本。
2. JavaScript 使用 AJAX 向服务器发送 HTTP 请求。
3. Perl/CGI 脚本 在服务器端接收请求，处理数据（如查询数据库）并生成响应。
4. AJAX 接收服务器返回的数据，更新网页内容而无需刷新整个页面

2. 实现步骤

前端：使用 AJAX 发出请求

使用 JavaScript（通过 XMLHttpRequest 或 Fetch API）发出 AJAX 请求。例如：

1.JSON模块的使用

use JSON;

#将perl数据转为JSON

my $json = to_json($data);

#将JSON字符串转为perl数据结构

my $decoded = from_json($json_string);

2.数据库交互

use DBI;

my $dbh = DBI->connect("");

my $sth = $dbh->prepare("SELECT sql sentence");

$sth->execute($gene_id);

my $row = $sth->fetchrow_hashref/

print $cgi->header('application/json');

print to_json($row);