Submitted by admin on Mon, 12/30/2024 - 12:47
一、使用gffread提取CDS和蛋白序列
gffread 是一个高效工具，支持从 GFF3 文件中提取 CDS 和 蛋白序列。
conda install -c bioconda gffread
提取CDS和蛋白序列
-
提取 CDS 序列：
/opt/biosoft/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64/gffread example.gff3 -g genome.fasta -x cds.fasta
- -g genome.fasta：提供参考基因组序列。
- -x cds.fasta：生成的 CDS 序列文件。
-
提取蛋白质序列：
/opt/biosoft/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64/gffread example.gff3 -g genome.fasta -y protein.fasta
- -y protein.fasta：生成的蛋白质序列文件。
注意事项
Submitted by admin on Mon, 12/30/2024 - 09:32
$(function(){
$("#download").click(function(){
var dir;
var suffix;
switch($("#type").val())
{
case "0":
dir = "00.genomeSeq";
suffix = "_genome.txt.gz";
break;
case "1":
dir = "01.cdsSeq";
suffix = "_cds.fa.gz";
break;
case "2":
dir = "02.pepSeq";
suffix = "_pep.fa.gz";
break;
default:
return;
}
Submitted by admin on Sat, 12/28/2024 - 03:12
#登服务器
ssh train@10.31.23.13
输入密码
#切换root用户
sudo su -
cd /home/train/
#进入docker 内部，已经布置好所有基因家族分析的软件
sh geneFamilyRun.sh
#具体流程（WRKY基因家族为例）
less -S w.sh
#根据列出的流程操作就可以，（也可以先下载拟南芥的序列练习）
#退出Docker容器
exit
Submitted by admin on Thu, 12/26/2024 - 09:55
[train@localhost sunpengbin]$ less duochong_hash.pl
#!/usr/bin/env perl
use strict;
Submitted by admin on Wed, 12/25/2024 - 05:16
immersivetranslate.com
打开网站后下滑，在“安装浏览器插件”位置找到电脑对应浏览器（推荐edge或chrome），获取插件后更改设置
Submitted by admin on Wed, 12/25/2024 - 03:30
Submitted by admin on Sun, 12/22/2024 - 14:48
是的，可以通过 Apache 配置文件来实现将 http://10.26.13.151/blast 重定向到 http://10.26.13.151:7777。有几种方法可以实现这个目标，具体取决于你的需求和 Apache 配置。
方法 1：使用 Apache 的 ProxyPass 和 ProxyPassReverse
ProxyPass 和 ProxyPassReverse 指令允许你将一个路径的请求转发到另一个端口或主机上。对于你的情况，你可以设置 Apache 将对 /blast 路径的请求转发到 7777 端口。
配置步骤：
-
打开 Apache 配置文件（通常是 httpd.conf 或你虚拟主机的配置文件）。
-
在配置文件中添加如下内容：
apache
複製程式碼
Submitted by admin on Fri, 12/20/2024 - 09:39
#1.在登陆端（笔记本）
ssh-keygen -R IPADDRESS
#2.在远程服务器端
Submitted by admin on Fri, 12/20/2024 - 06:40
#dnf updat
###这不要做sudo dnf update -y
#centos8的软件仓库没有phpMyAdmin,从官方下载
wget https://www.phpmyadmin.net/downloads/phpMyAdmin-latest-all-languages.tar.gz
#解压文件并移动到Apache默认目录
tar -xvf phpMyAdmin-latest-all-languages.tar.gz
rm phpMyAdmin-latest-all-languages.tar.gz -f
sudo mv phpMyAdmin-*-all-languages /usr/share/phpMyAdmin
#设置文件权限
sudo chown -R apache:apache /usr/share/phpMyAdmin
sudo chmod -R 755 /usr/share/phpMyAdmin
#配置Apache
Submitted by admin on Sat, 12/14/2024 - 08:31
####测试！初步success
#在/var/www/html/Artocarpus/JBrowse-1.16.11目录下执行
bin/prepare-refseqs.pl --fasta /opt/download/genomeData/FE/FE.genome.fasta --out ArtocarpusData/json/FE
bin/flatfile-to-json.pl --out ArtocarpusData/json/FE --gff /opt/download/genomeData/FE/FE.gff3 --type mRNA --autocomplete all --trackLabel genes --key 'Gene models' --getSubfeatures --className transcript --trackType CanvasFeatures --subfeatureClasses '{"CDS": "transcript-CDS", "exon": "hidden"}' --arrowheadClass arrowhead
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