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conda init后会修改~/.bashrc是的其他的版本的conda不能export
解决方法：待验证
 

要为两个不同位置的Conda安装分别初始化，可以使用以下方法：

您希望在同一系统上管理两个独立的Conda安装，并能够灵活切换它们而不互相干扰。这是一个很好的需求，我来介绍如何实现：

要为两个不同位置的Conda安装分别初始化，可以使用以下方法：

方法一：使用不同的配置文件

1. 为每个Conda安装创建单独的初始化文件：

   对于第一个Conda安装：

   /opt/biosoft/miniconda3_1/bin/conda init --no-user

   对于第二个Conda安装：

   /opt/biosoft/miniconda3_2/bin/conda init --no-user

   使用--no-user选项是为了确保初始化不会改变您的默认用户配置文件。

2. 创建激活脚本：

   为第一个Conda创建脚本(比如命名为activate_conda1.sh)：

1.挂上bam(名下没有功能注释？）
{
   "formatVersion" : 1,
   "tracks" : [
      {
         "category" : "Reference sequence",
         "chunkSize" : 20000,
         "key" : "Reference sequence",
         "label" : "DNA",
         "seqType" : "dna",
         "storeClass" : "JBrowse/Store/Sequence/StaticChunked",
         "type" : "SequenceTrack",
         "urlTemplate" : "seq/{refseq_dirpath}/{refseq}-"
      },
      {
         "compress" : 0,
         "key" : "Gene models",

未验证（为mRNA添加Note属性，Name属性不必须）：

是的，你理解得完全正确。如果原始的GFF3文件中没有Note属性或其他包含功能注释的属性字段，你需要：

1. 修改GFF3文件，添加所需的功能注释信息
   • 可以在每个mRNA或gene特征的第9列(属性列)中添加Note属性
   • 例如：ID=gene001;Name=GeneA;Note=编码光合作用相关蛋白
2. 重新导入修改后的GFF3文件
   • 使用与之前相同的flatfile-to-json.pl命令导入含有Note属性的新GFF3文件
   • 这将更新JSON数据，使其包含新添加的功能注释信息

修改GFF3文件添加注释的简单示例：

https://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?ko:K23408
修改?后为自己KO号

1.Chrome清理缓存

1. 打开Chrome浏览器，使用快捷键 Ctrl+Shift+Delete（Windows/Linux）或 Command+Shift+Delete（Mac）256。
2. 在弹出的窗口中：
   • 时间范围：选择"所有时间"以彻底清理缓存16。
   • 勾选项：至少选择"缓存的图片和文件"，其他如Cookie、浏览历史等按需勾选35。
3. 点击 “清除数据” 完成操作13。

2.Chrome无痕浏览
      

<!-- Original code -->
<label class="control-label" for="edit-example-id">
    <input type="checkbox" id="show-example" onclick="ResetFun()" style="margin-right: 5px;">Show an Example ID
</label>

<!-- Modified code -->
<label class="control-label" for="edit-example-id">
    <input type="checkbox" id="show-example" onclick="ResetFun()" style="margin-right: 5px;">Show Example ID
</label>

在修改后的CGI程序中，我添加了详细的日志功能，可以帮助你跟踪每个步骤的执行情况。以下是查看日志的方法：

日志文件位置

程序的主要日志文件保存在服务器的以下位置：

/tmp/systemd-private-08737f5a46514480b26149ddab3a3da8-httpd.service-EJMWPg/tmp/go_logs

/tmp/go_logs/go_enrichment_[时间戳].log

每次有新的分析任务提交时，都会创建一个带有时间戳的新日志文件。

如何查看日志

假设你有服务器的SSH访问权限，可以使用以下命令查看日志：

1. 查看最新的日志文件：

    

    

   bash

   ls -lt /tmp/go_logs/ | head
   cat /tmp/go_logs/go_enrichment_[最新时间戳].log

2. 实时监控日志更新（当程序正在运行时）：

    

    

   bash

• 找到php.ini文件位置：
  • 使用PHP命令查看：php --ini
  • 或创建一个包含<?php phpinfo(); ?>的文件，在浏览器中打开它，查找"Loaded Configuration File"行
• 编辑php.ini文件：

   

   

  # 使用文本编辑器打开文件，例如：
  sudo nano /etc/php/[版本号]/apache2/php.ini # Debian/Ubuntu系统
  sudo nano /etc/php.ini # CentOS/RHEL系统

• 修改以下设置：

   

   

使用说明

1. 将这两个脚本保存为 build-index.cgi 和 simple-search.cgi，放到您的 /var/www/cgi-bin/Artocarpus 目录下。
2. 确保脚本有执行权限：

    

    

   chmod 755 build-index.cgi simple-search.cgi

3. 安装必要的 Perl 模块（如果尚未安装）：

    

    

   cpan HTML::Parser JSON

4. 执行构建索引脚本来创建初始索引：

    

    

   /var/www/cgi-bin/Artocarpus/build-index.cgi

5. 设置定期重建索引（例如，每周或每天一次）：

    

    

   0 2 * * * /var/www/cgi-bin/Artocarpus/build-index.cgi > /dev/null 2>&1