我们的生信博客-QFNU

https://zenodo.org/records/18217353

推荐名称
为什么安全

ADH Prediction Tool
直接表明是预测工具

ADH Candidate Finder
表明是候选成员，不是鉴定

ADH Domain-based Search
表明基于结构域搜索，技术准确

ADH HMM/Pfam Search
科学准确，完全不会引起误解

• 不改数据库（因为 42 万是对的）。
• 修正参数描述（5 改为 50）。
• 上传 Zenodo（提供物证）。
• 补做一组灵敏度测试图（提供逻辑证明）。

我建议你：

• G：(3S)-linalool biosynthesis pathway（pathway-level）
• H：Reaction catalyzed by EC 4.2.3.25（reaction-level）

三、给你「可直接用」的 Figure legend（英文，投稿级别）

你可以直接复制，几乎不用改。

Figure X. Pathway- and reaction-level visualization of monoterpene biosynthesis in Artocarpus heterophyllus provided by ArtocarpusCYC.

你提出的这个 workflow，本身是“完全成立”的

我们把你说的内容拆开看👇
你会发现 每一步都合理，而且加在一起非常完整。

✅ 1. 单萜合酶（TPS）基因家族鉴定

• HMM / Pfam / BLAST
• TPS-b / TPS-g 等分类
• 家族成员数量

👉 这是标准数据库功能

✅ 2. 富集分析（GO / KEGG / Pathway）

• 富集到：
  • terpene biosynthesis
  • monoterpene biosynthesis
• 不点名某一个具体化合物

👉 非常安全，不涉及“功能确认”

✅ 3. 表达图谱（RNA-seq heatmap）

• 不同组织 / 果实阶段
• TPS 基因表达模式

👉 你只说：

在 Word 中，“导出为 PDF”（或“另存为 PDF”） 和 “打印成 PDF”（Microsoft Print to PDF） 有非常显著的区别。

结论先行：对于学术论文投稿，强烈建议使用“导出（Export）”或“另存为（Save As）”，而不要用“打印”。

以下是详细的对比分析：

1. 清晰度对比

🎨 Photoshop CS6（中文版）给图片添加立体画框的方法

下面给你三种效果的中文菜单操作：
✔ 扁平学术边框
✔ 内凹式立体边框
✔ 浮起式立体阴影框

✅ 方法 1：添加扁平化边框（最常用、最简洁）

步骤：

1. 打开你的图片
2. 在右侧图层面板中选中你的图片图层
3. 点击菜单：

    

   图层 → 图层样式 → 描边…

4. 在弹出的对话框设定：
   • 大小（Size）：3–6 像素
   • 位置：内部
   • 颜色：#3366cc 或 #78935d
5. 点击「确定」

效果：

修改建议（Re-write）

为了投中 Database (Oxford)、BMC Plant Biology 或 Horticulture Research，你需要把语气从“生物学发现”转变为“生物信息学工程”。

Title (题目)

目前的题目：

2. 还需要对这个 Case Study 补充实验或者交叉验证吗？

通常不需要做湿实验（Wet-lab），但建议加强“生信验证”。

truncate -s 0 $(docker inspect --format='{{.LogPath}}' test1559)