我们的生信博客-QFNU

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如何修改您的 genetic-elements.dat 文件  PS：最安全、最规范的做法： 保留 CIRCULAR? N 这一行。

要显示 Chr01 到 Chr06，并隐藏 Chr07，您需要做如下修改：

1. 为您希望显示的染色体（Chr01 到 Chr06）添加 TYPE :CHRSM。
2. 为您希望隐藏的染色体（Chr07）添加 TYPE :CONTIG。

修改后的 genetic-elements.dat 示例：

"Thank you for the comment. In our study, metabolic pathway annotation was conducted using three independent tools (KEGG, Reactome, and PathwayTools) to ensure robustness. While PathwayTools 24.0 was used, the core metabolic pathways were cross-validated with KEGG (latest release) and Reactome databases. The consistency across multiple annotation tools supports the reliability of our findings. Key pathways identified were further validated by [GO/KEGG enrichment analysis / RNA-seq expression data / experimental validation]."

可以直接使用！ 你描述的这种情况完全符合Pathway Tools的要求。

关键要点确认 ✓

你的设置满足Pathway Tools的核心需求：

• ✅ ID唯一性
• ✅ 一对一关系（每个ID对应一个基因实体）
• ✅ 已处理可变剪接问题

使用时注意事项

1. 输入文件格式 确保GenBank或GFF文件中：

/gene="mRNA_001" # 使用你的mRNA ID
/locus_tag="mRNA_001" # 保持一致
/product="..."
```

**2. PathoLogic配置**
在 `organism-params.dat` 文件中可能需要设置：
```
ID-PREFIX mRNA_

3. 功能注释 确保每个mRNA ID都有：

1.memory-guardian.service
两个文件
/usr/local/bin/memory_guardian.sh
 /etc/systemd/system/memory-guardian.service

2./etc/security/limits.conf

3. /etc/sysctl.conf  ?????????????不确定是否修改

sysctl -p
 

4.vi /etc/httpd/conf.modules.d/00-mpm.conf
将这行注释掉：
apache#LoadModule mpm_event_module modules/mod_mpm_event.so
取消这行的注释：
apacheLoadModule mpm_prefork_module modules/mod_mpm_prefork.so

/etc/systemd/system/
memory-guardian.service
 

cat > /etc/systemd/system/memory-guardian.service << 'EOF'
[Unit]
Description=Memory Guardian Service
After=network.target

[Service]
Type=simple
ExecStart=/usr/local/bin/memory_guardian.sh
Restart=always
RestartSec=10
User=root

[Install]
WantedBy=multi-user.target
EOF

###我仔细阅读了您上传的这篇文献（"Volatile compounds released by acid hydrolysis in jackfruit..."）。

以下是该文献的主要结论、研究意义，以及关于芳樟醇 (linalool) 的具体情况总结：

Volatile compounds released by acid hydrolysis in jackfruit (Artocarpus
heterophyllus Lam.). A comparative study by using SDE and
HS-SPME techniques

文献主要结论

这篇研究的主要目的是利用酸水解 (acid hydrolysis) 来释放菠萝蜜 (jackfruit) 中与糖苷结合的“风味前体物质”(aroma precursors)，并比较两种提取技术（SDE 和 HS-SPME）的效果 。

共鉴定出69种挥发物： 综合两种提取方法和两种pH条件，研究共鉴定出69种挥发性化合物，包括29种酯类、20种醛类、6种萜烯类、7种酮类和7种醇类 。

实测，不删除也可以执行，不知道原理和原因，以及是否删除好

修改前端 HTML 文件

找到 adh_identify.htm 中的 Method 2 表单（大约在第 xxx 行），将：

html

<form method="post" enctype="multipart/form-data" action="/cgi-bin/ADH2.cgi" name="form2" id="form2">

改为：

html

<form method="post" action="/cgi-bin/ADH2.cgi" name="form2" id="form2">

只需删除 enctype="multipart/form-data" 这部分！

论文Case Study撰写指南：利用在线工具解析菠萝蜜香气合成基因家族
案例分析标题建议： 利用ArtocarpusDB在线工具快速解析菠萝蜜香气合成相关基因家族的进化与功能分化
(A Case Study on Rapidly Elucidating the Evolution and Functional Divergence of Aroma-Related Gene Families in Jackfruit Using the ArtocarpusDB Platform)
一、 故事起点（提出科学问题）
菠萝蜜（Jackfruit）以其独特、浓郁的酯类和萜类香气而闻名，但其背后复杂的分子机制尚不清楚。不同菠萝蜜种质资源的香气差异，其遗传基础是什么？我们的ArtocarpusDB平台提供了一套强大的在线工具，旨在快速解答这些前沿科学问题。
二、 第一步：全局鉴定与比较
 * 核心工具：平台内置的“基因家族在线鉴定工具”。
 * 具体操作：我们使用该工具，对数据库中七个菠萝蜜基因组的AAT（醇酰基转移酶）、LOX（脂氧合酶）和TPS（萜类合酶）这三个与香气合成密切相关的基因家族，进行“一键式”初步鉴定。
 * 结果展示：

在利用 Pfam 数据库鉴定 ADH (醇脱氢酶) 基因家族成员时，主要使用的保守结构域模型是：

核心 Pfam 模型（用于中链 ADH 亚家族）

ADH 家族，特别是植物中常见的中链醇脱氢酶/还原酶 (MDR) 超家族成员，通常包含以下两个关键的 Pfam 结构域：

    PF00107：ADH_zinc_N

        名称： Zinc-binding dehydrogenase, N-terminal domain（锌结合脱氢酶，N 端结构域）

        功能： 这是一个位于蛋白 N 端的结构域，负责锌离子结合，锌离子是 ADH 酶活性位点必需的辅因子。

    PF08240：ADH_N

        名称： Alcohol dehydrogenase GroES-like domain（醇脱氢酶 GroES 样结构域）

        功能： 这是 ADH 的催化结构域之一，具有 GroES 样折叠结构。

其他相关结构域（根据亚家族而异）

1. 醇脱氢酶 (Alcohol Dehydrogenases, ADH) 基因家族

• 功能： ADH 家族的酶主要参与醇、醛、酮之间的氧化还原反应。在果实中，它们最关键的作用是将醛类（通过脂肪酸降解产生）还原成醇类。

  醛类ADH​醇类

  醇类是菠萝蜜香气主体——酯类的前体。

• 基因数目： ADH 家族在植物中通常是中等偏大的家族。例如，在番茄中发现了约 16 个 ADH 基因，在甜瓜中鉴定出了十几个 ADH 基因。菠萝蜜作为一种木本植物，其基因组中 ADH 家族成员数量也可能较多，且它们对不同醇类底物具有广泛的特异性。

2. 脂肪氧化酶 (Lipoxygenases, LOXs) 基因家族