对pathwayTools注释专用硬盘的python2库文件进行修改

Submitted by admin on Sat, 11/01/2025 - 03:10

方案一（修复 misopy 库）

 

要实现“不替换连字符”并成功运行，请执行以下操作：

  1. 打开 misopy 的库文件（需要 sudo 权限）：

    sudo nano /opt/biosoft/miniconda3_for_python27/envs/python27/lib/python2.7/site-packages/misopy/gff_utils.py
     

mmseqs2去冗余参数列表

Submitted by admin on Fri, 10/31/2025 - 09:06

参数组合编号
参数说明
代表序列数

1
min_seq_id = 0.95, cov = 0.80, cov_mode = 0
~82,019

2
min_seq_id = 0.90, cov = 0.80, cov_mode = 1
~74,942

3
min_seq_id = 0.90, cov = 0.75, cov_mode = 0
~80,521

4
min_seq_id = 0.85, cov = 0.70, cov_mode = 0
~78,470

5
min_seq_id = 0.80, cov = 0.70, cov_mode = 0
~76,779

6
min_seq_id = 0.75, cov = 0.70, cov_mode = 0
~74,854

centos7系统安装MMseq2

Submitted by admin on Fri, 10/31/2025 - 07:22

安装预编译二进制包步骤

  1. 确定系统指令集支持情况
    在终端运行：

     

    uname -m # 确保显示 x86_64 grep -q avx2 /proc/cpuinfo && echo "AVX2: yes" || echo "AVX2: no" grep -q sse4_1 /proc/cpuinfo && echo "SSE4.1: yes" || echo "SSE4.1: no"

    如果你的 CPU 支持 AVX2，就选 AVX2 版本；如果不支持但支持 SSE4.1 就选 SSE4.1 版本；若两者都不支持，只能用 SSE2 版本。 GitHub+2tenderisthebyte.com+2

  2. 下载对应静态包
    例如选择 AVX2 版本：

     

caseStudy更改重要建议

Submitted by admin on Wed, 10/29/2025 - 10:50

我先帮您核查了最关键的生物学背景问题，然后基于此给您最“稳”的期刊发表建议。

 

1. 关键问题核查：菠萝蜜含有 Linalool 吗？

 

根据我的文献检索（包括ACS、Figshare、热带作物学报等专业来源），菠萝蜜（Artocarpus heterophyllus）果肉的特征香气成分主要是酯类（Esters），例如：

  • 乙酸异戊酯 (isoamyl acetate)
  • 3-甲基丁酸乙酯 (ethyl 3-methylbutanoate)
  • 异戊酸丁酯 (butyl isovalerate)
  • 以及一些醇类（如 3-methyl-1-butanol）

在这些详细的香气成分列表中，Linalool (芳樟醇) 并不是菠萝蜜的核心或主要香气成分。

ArHi包括菠萝蜜的组装碎片化严重有什么影响

Submitted by admin on Wed, 10/29/2025 - 10:19

🍈 菠萝蜜酯类香气背景

主要酯类化合物：

  • 乙酸异戊酯 (Isoamyl acetate) - 香蕉味
  • 丁酸乙酯 (Ethyl butyrate) - 菠萝味
  • 己酸乙酯 (Ethyl hexanoate) - 苹果/菠萝味
  • 辛酸乙酯 (Ethyl octanoate) - 果香
  • 丁酸异戊酯 (Isoamyl butyrate)
  • 2-甲基丁酸乙酯 (Ethyl 2-methylbutyrate)

🔬 酯类代谢的生化途径

酯类合成主要涉及两类途径：

1️⃣ 醇酰基转移酶途径 (AAT pathway)

 

 

隐藏

Submitted by admin on Mon, 10/27/2025 - 09:00

apache

# ========================================
# 配置1：1661 → 1771
# ========================================
Listen 1771
<VirtualHost *:1771>
ServerName 111.14.177.46
ServerAdmin admin@localhost

ErrorLog /var/log/httpd/pathway-proxy-1771-error.log
CustomLog /var/log/httpd/pathway-proxy-1771-access.log combined

ProxyPreserveHost On
ProxyPass / http://127.0.0.1:1661/
ProxyPassReverse / http://127.0.0.1:1661/
ProxyTimeout 300

SetOutputFilter SUBSTITUTE

推荐一个可以接收数据库的四区期刊

Submitted by admin on Mon, 10/27/2025 - 07:03

Jouranl of Genetics 
审稿平均5个月

期刊ISSN
0022-1333
 

undisplayed_scaffold_pathwayTools合并

Submitted by admin on Sun, 10/26/2025 - 14:07

##############################################

如何修改您的 genetic-elements.dat 文件  PS：最安全、最规范的做法： 保留 CIRCULAR? N 这一行。

 

要显示 Chr01 到 Chr06，并隐藏 Chr07，您需要做如下修改：

  1. 为您希望显示的染色体（Chr01 到 Chr06）添加 TYPE :CHRSM。
  2. 为您希望隐藏的染色体（Chr07）添加 TYPE :CONTIG。

修改后的 genetic-elements.dat 示例：

pathwayTools版本过老学术讨论回答质疑

Submitted by admin on Sat, 10/25/2025 - 09:25

"Thank you for the comment. In our study, metabolic pathway annotation was conducted using three independent tools (KEGG, Reactome, and PathwayTools) to ensure robustness. While PathwayTools 24.0 was used, the core metabolic pathways were cross-validated with KEGG (latest release) and Reactome databases. The consistency across multiple annotation tools supports the reliability of our findings. Key pathways identified were further validated by [GO/KEGG enrichment analysis / RNA-seq expression data / experimental validation]."

pathwayTools用mRNA的id

Submitted by admin on Mon, 10/20/2025 - 12:14

可以直接使用！ 你描述的这种情况完全符合Pathway Tools的要求。

关键要点确认 ✓

你的设置满足Pathway Tools的核心需求：

  • ✅ ID唯一性
  • ✅ 一对一关系（每个ID对应一个基因实体）
  • ✅ 已处理可变剪接问题

使用时注意事项

1. 输入文件格式 确保GenBank或GFF文件中：

 

 

/gene="mRNA_001" # 使用你的mRNA ID
/locus_tag="mRNA_001" # 保持一致
/product="..."
```

**2. PathoLogic配置**
在 `organism-params.dat` 文件中可能需要设置：
```
ID-PREFIX mRNA_

3. 功能注释 确保每个mRNA ID都有：

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