我们的生信博客-QFNU

1. 醇脱氢酶 (Alcohol Dehydrogenases, ADH) 基因家族

• 功能： ADH 家族的酶主要参与醇、醛、酮之间的氧化还原反应。在果实中，它们最关键的作用是将醛类（通过脂肪酸降解产生）还原成醇类。

  醛类ADH​醇类

  醇类是菠萝蜜香气主体——酯类的前体。

• 基因数目： ADH 家族在植物中通常是中等偏大的家族。例如，在番茄中发现了约 16 个 ADH 基因，在甜瓜中鉴定出了十几个 ADH 基因。菠萝蜜作为一种木本植物，其基因组中 ADH 家族成员数量也可能较多，且它们对不同醇类底物具有广泛的特异性。

2. 脂肪氧化酶 (Lipoxygenases, LOXs) 基因家族

核心结论： Pathway Tools 20.0的pathologic功能可以完全离线运行植物基因组注释，基本配置需要12-16 GB内存和多核CPU，但注释速度主要受限于其单线程架构和基因组质量。植物基因组注释需要特别注意参考数据库选择、输入文件格式规范以及后续的人工验证。

Pathway Tools是一个功能强大的代谢通路注释工具，已成功应用于155个植物和藻类基因组数据库构建。版本20.0发布于2016年底，其系统要求在后续版本中保持稳定。对于植物基因组注释项目，理解技术限制并遵循最佳实践可以显著提高注释质量和效率，将典型的假阳性率控制在7-15%范围内。

网络连接需求：核心功能完全离线

pathologic注释的核心流程无需联网运行。软件使用本地安装的MetaCyc数据库进行通路预测和代谢重建，所有基本的自动化构建过程都在本地完成。这意味着在安全隔离环境或网络受限的服务器上可以正常执行pathologic注释任务。

1.Yang修改Dockerfile
构建镜像

2.最终执行的PGDB挂载命令

docker run -d -p 1555:1555 --name test1555 -v /root/userFC/user/:/opt/data/ptools-local/pgdbs/user/ pathway:21.0 /opt/bin/run-pathway-tools.sh

#根据你的userFE所在的目录（把有##cyc的文件夹和含有PGDB-METADATA.ocelot的两个文件所在的目录挂载）有所不同
docker run -d -p 1559:1555 --name test1559 -v /user/user/:/opt/data/ptools-local/pgdbs/user/ pathway:21.0 /opt/bin/run-pathway-tools.sh
 

# Apache URL重写实现CGI路径美化 - 完整技术文档

## 1. 功能实现

### ✅ 核心功能

**实现效果**：
- **隐藏 `/cgi-bin/` 目录**：用户看不到技术细节路径
- **隐藏 `.cgi` 扩展名**：URL更简洁美观
- **自动重定向**：访问旧URL自动跳转到新URL
- **透明执行**：后台正常执行CGI程序

**具体转换**：

您有三个选择

选择A：只修改HTML + 简化的Apache配置（推荐）

修改HTML：

html

<!-- 从 -->
<form action="/cgi-bin/Artocarpus/searchGenome.cgi" method="post">
<!-- 改为 -->
<form action="/Artocarpus/searchGenome" method="post">

简化的Apache配置（只需要内部重写，不需要重定向）：

apache

<VirtualHost *:80>
ServerName morac.ficusgd.com
DocumentRoot /var/www/html

ScriptAlias /cgi-bin/ /var/www/cgi-bin/

RewriteEngine On

允许 .htaccess 覆盖（如果使用方法一）

在 Apache 配置中确保：

apache

<Directory "/var/www/html">
AllowOverride All
</Directory>

cherrystudio
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近日，中国热科院测试中心食物营养与健康团队在菠萝蜜香气形成机制研究方面取得新进展。该团队系统揭示了“琼引1号”（硬肉型）和“香蜜1号”（软肉型）这两个菠萝蜜品种香气特征的显著差异，并发现亚油酸、亮氨酸及β-环柠檬醛代谢是造成两者香气差异的关键代谢通路。这项研究为深入理解菠萝蜜香气形成提供了新见解，并为未来选育或改良具有更佳风味的菠萝蜜品种提供了重要的科学依据。

具体操作建议：在稿件中创建一个“案例研究”章节

这是最关键的一步。您需要在论文中增加一个独立的、显眼的章节（例如：“Case Study: Evolution of the TPS Gene Family in Artocarpus”），用您的数据库工具讲一个完整的故事。

这个案例研究应该像一篇微型论文，包含以下要素：

 解决“创新性”问题：

如果不能在方法上创新，就在 “功能集成” 和 “用户体验” 上创造独特性。

开发独特工具： 在你的数据库网站上，是否增加一些通用数据库（如NCBI）没有的、针对菠萝蜜属的定制化分析工具？

例如：一个“引物设计”工具；一个“共线性区块可视化”工具；一个“特定代谢通路基因一键查询”工具。

整合独特数据： 除了基因组，是否整合了转录组数据（如不同组织、发育时期的表达谱）？将基因序列与表达数据关联，价值会剧增。

强调“一站式”解决方案： 在论文中强调，你的数据库是首个为菠萝蜜属研究量身定制的、整合了多组学数据和专用分析工具的平台，避免了研究人员在不同网站间切换的麻烦。

总而言之，你的修改方向是：从一个“静态的”数据陈列馆，转变为一个“动态的、能产生新知识”的研究引擎。

完成这些实质性修改后，你可以选择投递到其他对“资源型”论文更友好的期刊，例如 BMC Genomics, Database, Scientific Data，或者更专业的植物学、园艺学期刊。下次投稿时，你的论文将完全不同，成功率也会大大增加。

这次拒稿是一次痛苦的但极其宝贵的成长机会。祝你下一步顺利

https://zhuanlan.zhihu.com/p/697882132

https://bic.ac.cn/ImageGP/index.php/Home/Index/Lineplot.html