我们的生信博客-QFNU

#1.登陆111.14.177.46

#2.切换到train用户

su train

#PASSWD与root一样

#3.进入SRR存储目录（以下面的目录为例）

cd /home/train/hd/SRP078467_leaf

#4.拷贝sra2fq.sh脚本

cp /home/train/hd/scripts/sra2fq.sh .

#5. 建立输入和输出文件夹

mkdir -p input

mkdir -p out

#6.input文件夹准备数据

mv SRR122* input

#7.执行脚本

nohup sh sra2fq.sh input out &

# 解压后的fq文件在 out文件夹里

tips:如出现报错，可能是文件夹的权限问题， 执行 sudo  chown -R train:train *  输入root密码

#修改cgi程序中的sql语句，添加{    }内容

my $dbh = DBI->connect("dbi:mysql:tomatopan","tomatopan","tomatopan", {mysql_enable_utf8 => 1,}) or die "DB connect failed\n";

1.提取intron,执行py脚本需要搭建python27的conda环境

#extract intron
#conda create -n python27 python=2.7
#conda activate python27  #注意老版本的miniconda是使用source activate ------不同版本的conda似乎有一个conda init的是否执行的区别？注意学习总结
#conda install -c bioconda misopy
python extract_intron_gff3_from_gff3.py Charmono_v1.1.gff3 Charmono_v1.1.introns.gff3
grep "intron" Charmono_v1.1.introns.gff3_introns.gff3 > Charmono_v1.1.introns.gff3
perl parseIntron.cgi Charmono_v1.1.introns.gff3 > Charmono_v1.1_introns.txt

perl -ne 'print unless $seen{(split /\s+/)[1].(split /\s+/)[2]}++' input_file.txt > output_file.txt

perl -ne 'print unless $. == 1 || $. == 2 || $. == 3' file

• 论文方面：
  • 合作署名（挂名导师通讯作者，提升论文竞争力）。
• 课题方面：
  • 聚焦 地方需求（如山东省海洋经济、农业升级相关选题）。
  • 申请 青年项目（如山东省自然科学基金青年基金，资助率更高）。

四、可行性评估与建议

1. 6年完成任务的可行性

• 乐观场景（有团队支持+学科适配）：
  ✅ 3年内发表SCI → 4-5年获批课题 → 成功率＞70%。
• 保守场景（独立研究+实验学科）：
  ⚠️ 4-5年发表SCI → 课题申请竞争激烈 → 成功率约50%。

2. 提升成功率的策略

eggNOG注释可以间接获得KEGG注释结果，但需通过其整合的数据库映射实现。以下是具体机制、操作方法和注意事项：

一、eggNOG与KEGG的关联机制

eggNOG（Evolutionary Genealogy of Genes: Non-supervised Orthologous Groups）是一个跨物种的直系同源基因数据库，其注释整合了多个公共数据库（包括KEGG）。具体关联方式如下：

若必须使用 Perl/CGI，需在论文中 主动解释技术选择并证明其合理性：

• 强调遗留代码复用：
  “The Perl/CGI framework was chosen to integrate with existing legacy analysis tools, ensuring backward compatibility.”
• 补充性能优化：
  “We implemented FastCGI and caching mechanisms to enhance response speed under high concurrency.”
• 安全加固说明：
  “All user inputs are sanitized using DBI placeholders and HTML escaping is enforced via Template Toolkit.”

四、替代方案建议（优先推荐）

# 下载并解压（以 Linux 为例）
wget https://github.com/shenwei356/seqkit/releases/download/v2.6.0/seqkit_lin...
tar -zxvf seqkit_linux_amd64.tar.gz

# 将 seqkit 移动到可执行路径（如 /usr/local/bin）
sudo mv seqkit /usr/local/bin/

# 验证安装
seqkit version
 

###awk命令替换pep序列中间的*并记录位置到replaced_positions.log

本地部署MDN文档的完整流程

# 1. 获取离线文档包（任选其一）

# 方式A：直接下载预编译镜像 wget https://mdn-mirror.example.com/mdn-static-latest.zip unzip mdn-static-latest.zip -d /var/www/mdn/

# 方式B：从源码构建（需要Node.js环境） git clone https://github.com/mdn/content.git cd content && npm install npm run build cp -r build/* /var/www/mdn/

服务器配置指南

tripal搭建基因组数据库网站
下载tripal官方镜像：

docker pull   tripalproject/tripaldocker:latest

下载tripal模块:

git clone https://github.com/tripal/t4d8

启动镜像运行网站:

docker run --publish=80:80 --name=t4d8 -tid --volume=/web/t4d8:/var/www/drupal8/web/modules/contrib/tripal tripalproject/tripaldocker:latest

常见错误1：The provided host name is not valid for this server.  解决办法见：https://tripal4.readthedocs.io/en/latest/install/docker.html

常见错误2：