我们的生信博客-QFNU

https://github.com/shadowsocks/shadowsocks-android

#/home/train目录下

#下载miniconda （https://conda.io/miniconda.html）

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-py39_25.1.1-2-Linux-x86_64.sh -P ~/software

sh ~/software/Miniconda3-py39_25.1.1-2-Linux-x86_64.sh

# 进入交互式界面：输入yes，按Enter键，表示同意license； 输入安装路径/opt/biosoft/miniconda3，按enter键； 设置是否添加Minicoda3的PATH变量，直接按Enter键，表示选择no，以免和系统自带的软件冲突。若需要切换到本miniconda3环境，输入命令export PATH=/opt/biosoft/miniconda3/bin:$PATH即可。

原因分析：

• Conda 默认配置了 auto_activate_base: true，所以每次打开终端都会自动激活 base 环境。
• 这会影响 PATH 变量，并在提示符前加上 (base)，可能会干扰你其他程序或软件的运行。

解决方案：

1. 禁用 base 环境的自动激活

通过修改 Conda 配置文件来关闭自动激活：

conda config --set auto_activate_base false

2. 手动激活 base 环境

关闭自动激活后，如果你需要使用 base 环境，只需手动激活：

conda activate base

#miniconda的下载地址

https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_25.1.1-2-Linux-x86_6...

Conda 可以使用国内的镜像源来加速下载。以下是几个常用的国内镜像源：

• 清华大学： https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
• 中科大： https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

 gff3_2NONAME.pl   gff3文件中的Name=选项进行去除

解决方案

在导入 JBrowse 之前，建议你先修正 GFF3 文件：方法：1.gffread 2./home/train/sunpengbin/gff3_validator_updateCDSSIMILARY.pl

1. 过滤异常 CDS 关系：
   • 你可以删除 Parent 关联 超过阈值（如 10 个） 的 CDS：

     awk '$3=="CDS" {split($9, a, ";"); for (i in a) if (a[i] ~ /^Parent=/) {gsub("Parent=", "", a[i]); n=split(a[i], parents, ","); if (n > 10) print $0}}' genome.gff3

   • 这样可以找到 Parent 过多的 CDS 记录，手动检查。
2. 使用 AGAT 进行 GFF3 格式校验：

   agat_convert_sp_gff2gff3.pl --gff genome.gff3 -o fixed.gff3

###eggNOG32G内存注释完整步骤

#开启screen

screen -S eggArHeCHN

#diamond比对

diamond blastp --db eggnog_proteins --query ./ArHeCHN.chr.pep --out eggNOG.xml --outfmt 5 --sensitive --max-target-seqs 20 --evalue 1e-5 --id 10 --tmpdir /dev/shm --index-chunks 1

运行时间1h7min

  ？ --threads  是否可以调整命令时采用的线程数 ？#In-house Perl脚本提取xml比对结果

parsing_blast_result.pl --no-header --max-hit-num 1 --HSP-num 1 eggNOG.xml | cut -f 1,2,11,12 > eggNOG.emapper.seed_orthologs

#在111上测试执行下面的命令

注意：如果粘贴后代码格式混乱，可以：

1. 在粘贴之前，先进入 vi 编辑器
2. 输入 :set paste 按 Enter
3. 然后再按 i 进入插入模式
4. 粘贴代码
5. 完成后按 Esc，然后 :wq 保存退出

这样可以保持代码的原有格式。

优化点总结
1.使用 Plotly.react() 代替 Plotly.newPlot()，加快绘图速度。
2.去除 @linked_gene_ids，防止 <a> 标签导致 JavaScript 解析问题。
✅ 确保 data 里的值是数值，避免 null 或字符串影响 Plotly 解析。
✅ 改用 document.addEventListener("DOMContentLoaded", function() {...}) 确保 DOM 先加载。
✅ 提前渲染 div，避免 JavaScript 过早执行而找不到 div。

这样应该可以提高速度和稳定性，你可以试试看！ 🚀

#经过严格测试，发现1.不使用json速度会很快； 2.把js文件放到本地/var/www/html/Artocarpus/javascript/文件夹下速度很快.以下为修改后的代码：

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use DBI;
use CGI;
use List::Util qw(max min);

解决步骤

1. 使用 Rocky Linux 安装介质进入救援模式

1. 下载 Rocky Linux 的 ISO 镜像，制作启动 U 盘（使用工具如 Rufus 或 dd）。
2. 将系统设置为从 U 盘启动。
3. 在启动菜单中选择：

   Troubleshooting > Rescue a Rocky Linux system

4. 系统会提示是否尝试挂载现有的 Linux 系统，选择 1（继续挂载到 /mnt/sysimage）。

2. 进入系统环境

如果救援模式成功挂载了你的系统根分区，执行以下命令切换到系统环境：

chroot /mnt/sysimage

此时你已经进入了你的系统环境，可以尝试修复 GRUB。

3. 重新安装或修复 GRUB

检查分区表和 GRUB 配置

1. 确认 /boot 分区是否存在：

   ls /boot