我们的生信博客-QFNU

1. 工作流程

1. 用户操作（如点击按钮）触发前端的 JavaScript 脚本。
2. JavaScript 使用 AJAX 向服务器发送 HTTP 请求。
3. Perl/CGI 脚本 在服务器端接收请求，处理数据（如查询数据库）并生成响应。
4. AJAX 接收服务器返回的数据，更新网页内容而无需刷新整个页面

2. 实现步骤

前端：使用 AJAX 发出请求

使用 JavaScript（通过 XMLHttpRequest 或 Fetch API）发出 AJAX 请求。例如：

1.JSON模块的使用

use JSON;

#将perl数据转为JSON

my $json = to_json($data);

#将JSON字符串转为perl数据结构

my $decoded = from_json($json_string);

2.数据库交互

use DBI;

my $dbh = DBI->connect("");

my $sth = $dbh->prepare("SELECT sql sentence");

$sth->execute($gene_id);

my $row = $sth->fetchrow_hashref/

print $cgi->header('application/json');

print to_json($row);

将 SequenceServer 3.1.3 的页面与您自己网站的风格相融合，可以通过以下步骤实现：

1. 修改 HTML 模板

SequenceServer 的前端界面是由 HTML、CSS 和 JavaScript 构成的。要融合到您的网站风格中，可以：

• 定位 SequenceServer 的 HTML 模板文件（通常位于 sequenceserver/views 目录下）。
• 修改模板中的结构和样式，使其与您的网站布局一致。例如，添加您的网站头部和底部导航栏，调整内容布局。

2. 自定义 CSS 样式

要将 MySQL 中的数据库名称从 ArtocarpusGD 修改为 IlexGD，可以按照以下步骤操作：

方法一：使用 MySQL 命令行工具

1. 备份数据库 运行以下命令以备份原有数据库：

   mysqldump -u username -p ArtocarpusGD > ArtocarpusGD_backup.sql

   替换 username 为你的 MySQL 用户名。mysqldump -uroot -p123456 ArtocarpusGD > ArtocarpusGD_backup.sql

2. 创建新数据库 在 MySQL 命令行中执行以下命令：

   CREATE DATABASE IlexGD;

3. 导入备份到新数据库 将备份文件导入新创建的数据库：

   mysql -u username -p IlexGD < ArtocarpusGD_backup.sql

# 7. GO 注释
mkdir -p /home/train/13.functional_annotation/07.GO
cd /home/train/13.functional_annotation/07.GO

# 整合eggNOG和InterPro中的GO注释结果
go_from_eggNOG_and_interpro.pl ../04.eggNOG/eggNOG.emapper.annotations ../05.InterPro/interpro.tsv > go.annot
go_reducing_go_number_para.pl /opt/biosoft/go_class/bin/go-basic.obo go.annot 8 > go_reduced.annot
sort go_reduced.annot > go.annot; rm go_reduced.annot
gene_annotation_from_table.pl go.annot > GO.txt

##1.找到日志文件路径

docker inspect <container_id> | grep LogPath
#（输出类似于"LogPath": "/var/lib/docker/containers/<container_id>/<container_id>-json.log",））

##2.清空日志

echo "" > /var/lib/docker/containers/<container_id>/<container_id>-json.log

#或者下面方法

truncate -s 0 /var/lib/docker/containers/<container_id>/<container_id>-json.log
 

#若pathway容器开启后报错 If this server is no longer running, remove /tmp/.X99-lock   and start again.

rm /tmp -rf

docker restart

1.InterproScan 5.54-87.0 配套的Panther为 Panther15.0

Panther下载：https://pantherdb.org/downloads/index.jsp

2.修改interproscan.properties文件

将 binary.getorf.parser.filtersize=8  修改为3

3.

 ./interproscan.sh -t n -i xaa -f XML -d erecta/ -appl Pfam,PANTHER -goterms -iprlookup -cpu 6

4.

 ./interproscan.sh -t p -i xaa.pep.fasta -f TSV,GFF3,JSON -d erecta/ -appl Pfam,PANTHER,cdd,gene3d,superfamily -goterms -iprlookup -cpu 8

1.打开eggnog网站，点击“浏览文件”，选择要注释的文件，并在下方填写自己的邮箱

2.点击最下方的submit，提交注释申请后，填写的邮箱会收到一封网站发来的邮件

3.打开该邮件，点击“Click to manage your job”，跳转至eggnog页面，点击start开始工作

4.一定时间后会在邮箱中收到注释完成的提醒邮件，点击“Click to manage your job”，及时下载注释结果

其他：提交注释申请前，可在eggnog页面下方的Annotation options的Taxonomic Scope中选择与待注释文件比照的物种，以得到更精确的注释结果

# 本地化基因组数据库构建
mkdir /opt/biosoft/ncbi-blast-2.9.0+/db/
cd /opt/biosoft/ncbi-blast-2.9.0+/db/
# 构建核酸数据库
#makeblastdb -in ~/00.incipient_data/data_for_genome_assembling/assemblies_of_Malassezia_sympodialis/Malassezia_sympodialis.genome_V01.fasta -dbtype nucl -title Malassezia_sympodialis_V01.genome -parse_seqids -out #Malassezia_sympodialis_V01.genome -logfile Malassezia_sympodialis_V01.genome.log
# 构建蛋白质数据库

## g. 使用MCScanX进行共线性区块分析
mkdir -p /home/train/14.genome_comparison/g.MCScanX
cd /home/train/14.genome_comparison/g.MCScanX

# 准备2个物种基因组的蛋白质序列文件和GFF文件
ln -s ../a.preparing_data/laame.geneModels.gff3 ./
ln -s ../a.preparing_data/laame.protein.fasta ./
ln -s ../a.preparing_data/laame.genome.fasta ./
ln -s ../a.preparing_data/plost.geneModels.gff3 .
ln -s ../a.preparing_data/plost.protein.fasta .
ln -s ../a.preparing_data/plost.genome.fasta ./