用perl/cgi开发数据库的局限性

Submitted by admin on Sun, 02/23/2025 - 10:07

若必须使用 Perl/CGI，需在论文中 主动解释技术选择并证明其合理性：

  • 强调遗留代码复用：
    “The Perl/CGI framework was chosen to integrate with existing legacy analysis tools, ensuring backward compatibility.”
  • 补充性能优化：
    “We implemented FastCGI and caching mechanisms to enhance response speed under high concurrency.”
  • 安全加固说明：
    “All user inputs are sanitized using DBI placeholders and HTML escaping is enforced via Template Toolkit.”

四、替代方案建议（优先推荐）

seqkit安装+genomeTools安装+awk

Submitted by admin on Sun, 02/23/2025 - 09:43

# 下载并解压（以 Linux 为例）
wget https://github.com/shenwei356/seqkit/releases/download/v2.6.0/seqkit_lin...
tar -zxvf seqkit_linux_amd64.tar.gz

# 将 seqkit 移动到可执行路径（如 /usr/local/bin）
sudo mv seqkit /usr/local/bin/

# 验证安装
seqkit version
 

 

###awk命令替换pep序列中间的*并记录位置到replaced_positions.log

本地部署mdn官方文档

Submitted by admin on Sat, 02/22/2025 - 10:04

本地部署MDN文档的完整流程

# 1. 获取离线文档包（任选其一）

# 方式A：直接下载预编译镜像 wget https://mdn-mirror.example.com/mdn-static-latest.zip unzip mdn-static-latest.zip -d /var/www/mdn/

# 方式B：从源码构建（需要Node.js环境） git clone https://github.com/mdn/content.git cd content && npm install npm run build cp -r build/* /var/www/mdn/

服务器配置指南

tripal官方镜像下载办法

Submitted by admin on Sat, 02/15/2025 - 02:35

tripal搭建基因组数据库网站
下载tripal官方镜像：

docker pull   tripalproject/tripaldocker:latest

下载tripal模块:

git clone https://github.com/tripal/t4d8

启动镜像运行网站:

docker run --publish=80:80 --name=t4d8 -tid --volume=/web/t4d8:/var/www/drupal8/web/modules/contrib/tripal tripalproject/tripaldocker:latest

常见错误1：The provided host name is not valid for this server.  解决办法见：https://tripal4.readthedocs.io/en/latest/install/docker.html

常见错误2：

shadowsocks安卓版下载地址

Submitted by admin on Fri, 02/14/2025 - 11:15

https://github.com/shadowsocks/shadowsocks-android

miniconda在linux使用方法宝典-待测试

Submitted by admin on Wed, 02/12/2025 - 16:16

#/home/train目录下

#下载miniconda （https://conda.io/miniconda.html）

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-py39_25.1.1-2-Linux-x86_64.sh -P ~/software

sh ~/software/Miniconda3-py39_25.1.1-2-Linux-x86_64.sh

# 进入交互式界面：输入yes，按Enter键，表示同意license； 输入安装路径/opt/biosoft/miniconda3，按enter键； 设置是否添加Minicoda3的PATH变量，直接按Enter键，表示选择no，以免和系统自带的软件冲突。若需要切换到本miniconda3环境，输入命令export PATH=/opt/biosoft/miniconda3/bin:$PATH即可。

conda怎样避免每次进入系统默认base环境

Submitted by admin on Wed, 02/12/2025 - 14:26

原因分析：

  • Conda 默认配置了 auto_activate_base: true，所以每次打开终端都会自动激活 base 环境。
  • 这会影响 PATH 变量，并在提示符前加上 (base)，可能会干扰你其他程序或软件的运行。

解决方案：

1. 禁用 base 环境的自动激活

通过修改 Conda 配置文件来关闭自动激活：

conda config --set auto_activate_base false

2. 手动激活 base 环境

关闭自动激活后，如果你需要使用 base 环境，只需手动激活：

conda activate base

conda国内镜像源&conda init的使用&conda首次需init且source.bashrc

Submitted by admin on Wed, 02/12/2025 - 13:27

#miniconda的下载地址

https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_25.1.1-2-Linux-x86_6...

 

Conda 可以使用国内的镜像源来加速下载。以下是几个常用的国内镜像源：

 

各perl_pl脚本帮助手册用法说明

Submitted by admin on Wed, 02/12/2025 - 04:49

 gff3_2NONAME.pl   gff3文件中的Name=选项进行去除

gff3格式错误-CDS结构信息错误解决方法

Submitted by admin on Tue, 02/11/2025 - 16:32

解决方案

在导入 JBrowse 之前，建议你先修正 GFF3 文件：方法：1.gffread 2./home/train/sunpengbin/gff3_validator_updateCDSSIMILARY.pl

  1. 过滤异常 CDS 关系：
    • 你可以删除 Parent 关联 超过阈值（如 10 个） 的 CDS：

      awk '$3=="CDS" {split($9, a, ";"); for (i in a) if (a[i] ~ /^Parent=/) {gsub("Parent=", "", a[i]); n=split(a[i], parents, ","); if (n > 10) print $0}}' genome.gff3

    • 这样可以找到 Parent 过多的 CDS 记录，手动检查。
  2. 使用 AGAT 进行 GFF3 格式校验：

    agat_convert_sp_gff2gff3.pl --gff genome.gff3 -o fixed.gff3

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