我们的生信博客-QFNU

#用156的6核加限制内存进行inerpro注释详细记录
# 设置Java内存参数
export JAVA_OPTS="-Xms1024m -Xmx50000m"
    #该命令解析
   命令 export JAVA_OPTS="-Xms1024m -Xmx50000m" 在运行InterProScan前设置Java虚拟机(JVM)的内存参数，这对成功运行大规模分析至关重要。
   命令详解
   export：
  这是一个shell命令，用于设置环境变量
  使变量对当前shell会话和所有子进程可用
  JAVA_OPTS：
  这是一个特殊的环境变量，许多Java应用程序(包括InterProScan)会查找此变量
  InterProScan启动脚本会读取这个变量并将其内容传递给Java命令
  -Xms1024m：
  设置Java堆内存的初始大小为1024MB(1GB)
  这是JVM启动时立即分配的内存量
  -Xmx50000m：
  设置Java堆内存的最大大小为50000MB(约50GB)
  这是JVM可以使用的最大内存量

###1.检查方法

# 查看InterProScan相关进程是否仍在运行
ps aux | grep interpro

# 查看最近的日志文件是否还在更新
ls -ltr /path/to/interproscan/logs/

# 查看系统日志中是否有OOM Killer记录
dmesg | grep -i "out of memory"

###2.解决方法

# 运行优化版本
./interproscan.sh -i protein.fasta -f TSV -cpu 8 -dp -iprlookup \
-pa -goterms -Xms2048m -Xmx46000m

关键参数说明：

• -cpu 8：限制使用8个CPU核心（防止过载）
• -Xms2048m -Xmx46000m：Java内存初始2GB，最大46GB
• -dp：禁用预计算匹配查询（减少内存使用）

####！！！！最优解决方案

mRNA ID
rna-AHE.Chr01.1

Gene ID
gene-evm.Chr01.1

# 8. KAAS 注释
mkdir -p /home/train/13.functional_annotation/08.KAAS
cd /home/train/13.functional_annotation/08.KAAS
# 在 http://www.genome.jp/kaas-bin/kaas_main 网页工具中提交序列进行注释。需要填写邮箱信息，在网页中提交后需要再进入邮箱，点击邮件中的提交链接，才能开始计算。
# Selected organisms: hsa, mmu, rno, dre, dme, cel, ath, sce, cal, spo, ecu, pfa, cho, ehi, eco, nme, hpy, bsu, lla, mge, mtu, syn, aae, mja, ape, sce, dha, ncr, fox, ssl, afm, cpw, bze, tml, uma, mrt, cgi, hir
# 注释完毕后，从填写的邮箱中进入注释完毕后的网页，下载注释结果 query.ko 文件。

# 2. 进行 Swiss-Prot 注释
mkdir -p /home/train/13.functional_annotation/02.Swiss-Prot
cd /home/train/13.functional_annotation/02.Swiss-Prot

# 使用 ncbi-blast+ 进行 Swiss-Prot 注释
head -n 200 ../proteins.fasta > test.fasta
~/bin/blast.pl --CPU 8 --outfmt 5 -clean /opt/biosoft/bioinfomatics_databases/Swiss-Prot/uniprot_sprot test.fasta > blast.xml
# real 0m47.846s
# user 4m53.512s
# sys 0m0.752s

#此方法适用于系统没有安装prename的时候

#centos8.4自定义prename成功，将如下的prename设置在/usr/local/bin目录下

sudo tee /usr/local/bin/prename << 'EOF'
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

# 检查参数数量
if (@ARGV < 2) {
    die "Usage: prename 's/pattern/replacement/' file(s)\n";
}

my $expr = shift;
my $count = 0;

# 确认文件存在
@ARGV = grep {-e $_ or print "Warning: $_ does not exist\n"} @ARGV;

https://tianya.im/

tianya.my

https://www.zhihu.com/question/636115601/answer/22637739638?utm_campaign=shareopn&utm_medium=social&utm_psn=1876905787336572928&utm_source=wechat_session&s_r=0

https://tianya.at/

1.python中的数据结构----变量  python变量变的是地址，C变量变的是内存空间值  bool->int->float->complex

  容器container       1) ----序列（列表，元组，字符串）

                               2) ----字典 （字典键 不可变且不重复）{}定义

                               3) ----集合  （             无序且不重复）set()定义